ВОПРОС - ОТВЕТ

1. Можно ли на один сайт создавать два кабинета в Яндекс.Директ?

Формально-да, практически- очень не рекомендую. Почему? Яндекс смотрит не только на домен, но и на связку: домен, кто плательщик, номер телефона, реквизиты, адрес, метрика, поведенка, формы.

Как это увидит яндекс: один сайт при этом 2 разных кабинета, одинаковые ключи, похожие объявления.

Как он это расценит: попытка обойти аукцион, выкупить обманно больше трафика, серые выкупы.

Чем может грозить: падение показов, повышения стоимости клика, подвисания модераций, нестабильность показов, лидов, кликов и т.д.

Один сайт + 2 кабинета = высокий риск.

Как можно сделать: 2 домена, разные юр лица, разные кабинеты = идеально

2. Можно ли создать отдельную компанию под эксперименты, но с теми же ключами что встречаются и в других компаниях?

Для рся - да, для поиска - нет. Для поиска один в один делать нельзя.