Lunatic asylum

Парадокс Симпсона

2021-01-25T08:42:05.162Z

Возьмём какую-то гипотетическую болезнь и два лекарства от неё. Предположим, у нас есть статистика выздоровления больных, которых лечили обоими лекарствами:

Очевидно, нужно всем прописывать лекарство А — вероятность выздоровления существенно выше.

Затем, к нам приходят более подробные результаты того же исследования:

Ага, у мужчин лекарство Б оказывается более действенно, прописываем им Б.

Что там с женщинами? Простым вычитанием получаем следующую таблицу:

И у женщин тоже лекарство Б более действенно. Приехали.

Если сложить цифры в таблицах 2 и 3, то получатся цифры, которые указаны в таблице 1.

Ставим себя на место врача из начала поста. Нужно прописать пациенту лекарство — какое?

При этом всегда можно построить таблицы 2 и 3 по другому уточняющему критерию (например, брюнет / блондин), которые точно так же будут указывать на лекарство А. Более того, можно построить вообще все возможные варианты «самых точных» таблиц (одновременно пол и цвет волос), которые будут совместимы с таблицами 1–3.

Договор по открытому небу

2021-01-22T11:11:45.300Z

И раз уж я тут сегодня за договоры о стратегической безопасности начал, то стоит вспомнить и тот факт, что вероятно в скором будущем Беларусь окажется в договоре об открытом небе без России.

Напомню, что договор об открытом небе был отличным инструментом для поддерждания доверия между военными ведомствами стран НАТО и СНГ. Согласно нему были разрешены взаимные полёты самолётов разведчиков в воздушном пространстве друг друга, аэрофотосъёмка. То есть вот например когда Киев кричал о российских танковых армадах стоящих у границ Украины, то развечики стран НАТО могли там полетать и лично убедиться, что кому-то надо пить таблетки, российские танки стоят на базах под Ростовом, их много, но их численность укладывается в разумные потребности проведения масштабных учений и меры предосторожности "рядом идёт война". Аналогично и Россия точно так же могла контролировать происходящее в странах НАТО. Это успокаивало военных и политиков обоих сторон, что особенно важно в этом нашем мире постправды, когда ложные обвинения стали нормой, а их доказательств перед закатыванием истерик никто даже не спрашивает. И тут можно вспомнить истерики одного белоруского деда этой осенью по поводу военных учений на Западе.

Кроме собственно аэрофотосъёмки договор обеспечивал военным ведомствам сторон прекрасный инструмент для контактов, что вело к лучшему взаимного пониманию как и почему предпринимаются те, или иные шаги, налаживало взаимную коммуникацию. В общем, хороший был договор, полезный всем.

Не так давно из него вышли США использовав как формальный повод временные ограничения на разведывательные полёты (которыми баловались обе стороны, и у этих ограничений были разумные причины). И всё стали ждать останется ли в договоре РФ удовлетворившись взаимными полётами со странами Европы, которые из договора не выходили.

В Кремле чесали репу, ведь получалось, что российские разведчики будут летать только над странами Европы, а американцы будут получать данные от полётов своих европейских союзников. Почесали и выкатили ряд условий сохранения своего участия в договоре, как то например формальное обязательство европейских стран не передавать разведданные в США (ценность которого естественно все понимают, данные всё равно передавались бы).

Была пауза, европейские страны отмолчались, Кремль сказал что-то вроде "ну и хер с вами" и уведомил всех о запуске внутригосударственных процедур о выходе из этого договора. Которые будут вестись долго, так что теоретически время для очнуться у европейцев всё же есть.

Так вот, если вы всё ещё читаете этот лонгрид, то напомню, что в этом договоре состоит и Минск. И о желании выхода из него мы никого не извещали.

Впрочем да, просто ждём когда большие пацаны окончательно порешают.

Полное запрещение ядерного оружия

2021-01-22T11:08:44.174Z

А пока в воздухе витают надежды на скорое продление США и Россией Договора о сокрашении стратегических наступательных вооружений (ДСНВ или СНВ-III), спасибо Байдену за это, заметим, что сегодня как бы вступил в силу Договор о запрещении ядерного оружия (ДЗЯО). Именно о запрещении и полном его ликвидации, а не об ограничении его распространения.

Собственно разговоры о полном его запрещении велись в генассамбелее ООН ещё с возникновения договора о нераспространении ядерного оружия (ДНЯО), который предполагал постепенное сокращение ядерных арсеналов, однако договор именно о запрещении был всё же подписан в 2017-ом году. Подписан он правда странами ядерным оружием не обладающими, что, впрочем, не мешает разговорам о нём на международных площадках последние годы быть всё громче, а возможностей от него молча отмахиваться у ядерных держав всё меньше.

По сути ДЗЯО иллюстрирует раздражение значительного числа стран мира по поводу темпов ядерного разоружения, предусмотренного в том числе Договором о нераспространении ядерного оружия. Правда, сторонники немедленного движения в сторону "ядерного нуля" зачастую забывают, что ядерное разоружение даже в рамках их любимой Шестой статьи ДНЯО соседствует с "всеобщим и полным разоружением". Проще говоря, сегодняшняя система военно-политических отношений будет сметена "горячими" конфликтами, если из нее просто удалить фактор ядерного сдерживания.

При этом вплоть до настоящего времени человечество демонстрирует значительные успехи в уничтожении целых городов и разрушении стран (естественно, с огромными сопутствующими потерями) с применением исключительно неядерных вооружений, так что простое исключение ядерного оружия из уравнения вряд ли может привести к качественному повышению безопасности каждого отдельного жителя нашей планеты.

Вместе с тем, в практическом измерении страны-участницы ДЗЯО и сочувствующие им организации и отдельные специалисты вполне могут активизировать работу над поиском новых методов мониторинга и верификации ядерного разоружения, технологий утилизации ядерных боезарядов и т.п., что, не исключено, в перспективе окажется востребованным уже ядерными державами в рамках новых соглашений в области контроля над вооружениями.

Процесс, вероятно, продолжится, и наибольший интерес вызывают перспективы подключения к ДЗЯО стран, связанных формальными и неформальными союзническими обязательствами с США, особое внимание следует обратить на дискуссии в Швеции, Нидерландах, Германии, Японии. Кроме того, интересным трендом стало выражение официальной поддержки ДЗЯО со стороны отдельных городов, хотя в этом случае, конечно, в первую очередь речь идет о символических жестах.

Источники:
https://iz.ru/1114399/ekaterina-postnikova/dziao-zhizni-pochemu-rf-ne-podderzhivaet-dogovor-o-zaprete-iadernogo-oruzhiia

https://t.me/vatfor/6669

The Decentralized Web of Hate

2021-01-11T07:52:31.842Z

Несколько смешно читать про фантазии о "децентрализованную P2P соцсеточки" в которые все свалят за свободой слова.

Во-первых, баны в фейсбуке или твиттере - это не что-то новое, Трамп не первый и не последний. Однако пипл хавает и сидит в этих сетях, и поверьте, никуда не свалит потому что начали банить политиков.

Во-вторых, сама концепция никак не решает проблемы, просто потом обнаружат что банят на уровне инфраструктуры. Баннить уже начал амазон, а это значит облака не решение, Cloudflare тоже раньше банил каких-то фашистов и по этой ситуации высказывался что тоже могут. А впереди ещё могут стоять крупные tier1 операторы, находящиеся фактически в центре интернетов, баны на приложения на уровне ОС, на сайты на уровне браузеров и CDN и прочая. В лучшем случае это будет поделие для использования в даркнете, только для специалистов.

Политическая ангажированность соцсеточек и операторов интернет инфраструктуры, как и ковид, с нами надолго, если не навсегда.

В-третьих, проблема на том же самом уровне "решается" на сколько оно вообще возможно стэндалоном на собственном сервере, с зеркаливанием постов в 100500 соцсеточек и всякие там телеграмы. Если бы вы в самом деле так переживали за цензуру - давно бы сделали что-то такое. Я ограничился блогом в телетайпе (который впрочем тоже из Калифорнии) с лонгридами и каналом в телеграме (кстати подписывайтесь, там тоже есть комменты и вообще удобнее читать). Причём сделал это ещё до того, как стало модным баннить Трампа.

А фейсбук и твиттер кстати ссылки на стендалоны если и даёт постить (не все и не всегда, тереграф например в полном бане), то не показывает их в ленте подписчикам. Скучаю по временам RSS.

И чтобы 2 раза не вставать, Mozilla вот тоже упоролась:

https://foundation.mozilla.org/en/blog/fellow-research-decentralized-web-hate/

Законодатель про банхамер в соцсеточках

2021-01-10T11:25:35.037Z

По поводу интернет-травли Трампа хочется заметить, несколько моментов.

Закон, который позволяет, и даже обязывает "interactive computer services" (понятие, включающее в себя соцсети) осуществлять модерацию своих площадок - это "Communications Decency Act" от 1996-ого года, в частности его статья 230, которая во-первых освобождает их операторов от ответственности за пользовательский контент, а во-вторых прямым текстом даёт им право модерировать контент на своих площадках.

Закон от 1996-ого года, в него естественно вносились правки, Трамп пытался внести в него свои правки, причём делал это достаточно сомнительным способом, увязывая принятие правок с одобрением военных расходов. Однако эта статья не устраивает и победившего Байдена, и он тоже высказывается за её скорейший пересмотр, правда уже в сторону православного подхода с цензурой, государственным регулированием и ответственностью соцсеточек за контент.

Однако в целом, в норме и вне текущей ситуации, пока все под впечатлением от произошедшего в конгрессе и мыслят преймущественно эмоциями, американский дискурс по этому поводу заключается в том, ситуация представляет собой конфликт двух американских ценностей: свободы слова и свободы частного бизнеса. И во-первых, простого решения этот конфликт не имеет, организация цензурирующего госрегулятора - это не слишком американский метод решения подобных проблем, он в будущем только усугубит проблему. А во-вторых, консенсунс о превосходстве свободы бизнеса был достигнут ими задолго до настоящих событий и произошеднее при существующем сейчас раскладе политических сил его врядли изменит. Например, не так давно у них был сходный судебный прецендент - производитель тортов отказался обслуживать гей-пару и делать им свадебный торт. И вот, не смотря на всю американскую чуткость к проблемам гомосексуалистов, суды, кажется вплоть до верховного, постановили, что частник в своём праве решать кого ему обслуживать, а кого - нет, главное чтобы отказ был корректным.

И повторюсь, происходящее в США происходит очень сильно на эмоциях, произошедшее в конкрессе до глубины души задело американцев и они ещё несколько месяцев будут мыслить переживаниями по этому поводу. Потом разум наверное возьмёт вверх и можно будет аппелировать к "цензура до добра не доведёт", что сейчас и пару месяцев вперёд это там, имхо, бессмысленно. А за это время Трампа и трампизм как политическое течение максимально закопают.

Победитель получает всё, Трамп за Хилари тоже с топором набегался в своё время.

Наконец, высказывается мнение, что минимальным госвмешательством, которое решит проблему может стать возможность судебного оспаривание бана в соцсетях и других компьютерных сервисах. Это был бы вполне американский подход к подобным проблемам, однако политики и времена сейчас таковы, что там действительно могут организовать псевдообщественного госрегулятора.

Однако вот по поводу оганичений доступа к инфраструктуре - магазинам приложений, а теперь наверное и облачной инфраструктуре, у американцев несколько иной подход, инфраструктура регулируется. Активно идёт дискурс относительно как доступа в магазины приложений, так и доступа конкурирующих магазинов на платформы (Apple прежде всего). Принятие решений в этой области видится достаточно вероятным.

Законодательное же дробление соцсетей с тем чтобы обострить их конкуренцию видится крайне маловероятным, максимум - могут ватсап и/или инстаграм отделят от фейсбука, да и то врядли.

Плюс пока что осторожно высказываются о необходимости доступа публики к правилам подбора ленты. Но тут всё технически сложно.

Искусственное солнце на стену

2021-01-07T15:16:29.578Z

Тут человек заморочился и сделал у себя постоянное летнее солнечное утро.

LED COB, водяное охлаждение, параболическая зеркальная антенна, аквариум с мылом, занавески.

Подробно про молекулярное устройство вакцины Pfizer/BioNTech

2021-01-07T13:35:30.277Z

Длиннопост для гиков, биологов и тех, кто почему-либо интересуется молекулярно-биологическими подробностями жизни коронавируса и вакцин против него. Некоторое время назад портал для программистов раскопал [1] полную последовательность антикоронавирусной вакцины от Pfizer/BioNTech (она выложена на сайте ВОЗ, можно посмотреть). Ребята написали большой обзор, где попытались объяснить, что все это значит. Он интересен, так как представляет мРНК с программистской точки зрения. С точки зрения биолога в разборе есть некоторое количество несущественных ошибок и нет большого количества интересных вещей – ну просто потому, что для того, чтобы увидеть их в представленной последовательности, нужно быть биологом.
Я, разумеется, не могла пройти мимо такой возможности и не разобраться, как же устроена вакцина, которой уже стремительно прививают людей в Европе, США и Израиле, поэтому написала свой обзор с точки зрения биолога.
Как оказалось, устроена новая вакцина очень хитроумно. Прямо радость берет за человеческий гений. Ниже мой подробный разбор всего, что напридумывали разработчики, стремясь добиться максимальной эффективности и стабильности вакцины (и, судя по имеющимся предварительным результатам, таки добились).

Напомню, вакцина от Pfizer/BioNTech представляет собой мРНК спайк-белка – того самого, при помощи которого коронавирус цепляется за рецепторы ACE2 на человеческих клетках, чтобы затем пролезть в них. Термином мРНК называют особый тип клеточных РНК, который содержит копию последовательности ровно одного гена – в данном случае, гена спайк-белка. Клеточные машины для синтеза белка под названием рибосомы умеют строить белки только на основе информации, которую несут мРНК. То есть смысл вакцины таков: мРНК, несущая последовательность спайк-белка, попадает внутрь клеток, рибосомы синтезируют с нее много спайк-белка, его обнаруживает иммунная система и генерит необходимые антитела и В-клетки памяти, которые сохраняют инструкции по синтезу таких антител. Также на спайк-белок возбуждаются Т-клетки, которые тоже сохраняют воспоминания о нем, чтобы при следующей встрече немедленно активироваться и уничтожить все зараженные клетки.

Первое, что бросается в глаза при взгляде на последовательность вакцинной мРНК, – странный значок Ψ (пси). Этой буквой греческого алфавита стандартно обозначают псевдоуридин – особым образом измененный нуклеотид уридин (У). Псевдоуридин – не специально человеческое изобретение, он встречается во многих типах РНК у самых разных организмов: в их геномах, в том числе человеческом, закодированы ферменты для синтеза Ψ. Эксперименты показали, что мРНК, в которых У заменен на Ψ, хуже распознаются иммунной системой. Вероятно, это связано с работой клеточных систем по различению собственных и вирусных РНК: часть У в собственных мРНК после синтеза заменяются на Ψ, а вирусные РНК Ψ не содержат.

Теперь, когда мы разобрались с функцией Ψ, самое время сказать, что мРНК-вакцина от Pfizer/BioNTech содержит не его, а метил-псевдоуридин. В некоторых работах было показано, что эта дополнительная модификация улучшает синтез белка с мРНК, которые ее содержат.
Помимо замены всех У на Ψ, аминокислоты спайк-белка в вакцинной мРНК от Pfizer/BioNTech закодированы не совсем так, как у вируса. Напомню, каждая аминокислота (базовая структурная единица белка) в геноме кодируется тремя нуклеотидами – кодонами. И так как значащих аминокислот 20, а нуклеотидов четыре, на каждую аминокислоту приходится несколько кодонов. Но обычно каждый вид живых существ предпочитает свои кодоны для разных аминокислот – это означает, что все механизмы систем синтеза белка в клетках такого живого существа заточены распознавать преимущественно эти кодоны.

Если в клетку попадает мРНК, несущая непривычные кодоны, синтез белка с нее будет идти медленно или вообще будет невозможен. У коронавируса кодоны, очевидно, заточены под предпочтения летучих мышей, так как именно к их организмам он приспосабливался сотни и тысячи лет. Разработчики вакцины из Pfizer/BioNTech заменили все летучьемышиные кодоны на те, которые привычны ферментным системам клеток человека. Оптимизация или, наоборот, деоптимизация кодонов, – известный трюк. Например, коронавирус в некоторых из живых вакцин от коронавируса ослаблен при помощи обратного приема: в таком вакцинном вирусе привычные организмам людей кодоны заменены на редкие. В результате, заразив клетки человека, такой измененный вирус не может размножиться – но все равно возбуждает ответ иммунной системы.

Третье изменение, касающееся последовательности нуклеотидов в вакцинной мРНК, относится к двум кодонам, кодирующим аминокислоты валин и лизин ближе к концу спайк-белка. Они заменены на кодоны, соответствующие аминокислоте пролину. Эта модификация известна как S-2P, и благодаря ей синтезируемый с измененной мРНК спайк-белок оказывается зафиксирован в так называемой открытой конформации (форме) – именно в такой конформации он находится до связывания с клеточными рецепторами ACE2. После связывания спайк-белок меняет форму на закрытую и разрезается клеточными протеазами на две части.

Фишка в том, что спайк принимает открытую и закрытую конформации самопроизвольно – это термодинамический процесс. Но связаться с рецептором может только открытая конформация, поэтому именно ее нужно блокировать антителами, чтобы предотвратить заражение. Вакцинные спайк-белки, несущие модификацию S-2P, всегда находятся в открытой конформации, поэтому провоцируют появление только максимально эффективных антител. Обычный спайк провоцирует наработку антител и против закрытой конформации, которые заражение не предотвращают.
Еще несколько модификаций касаются так называемых 3’-UTR и 5’-UTR-участков. UTR – сокращение от untranslated region, что означает «нетранслируемый участок». Трансляция – это процесс синтеза белка, и, как следует из названия, с последовательностей 3’-UTR и 5’-UTR белок не синтезируется. Тем не менее, они чрезвычайно важны, потому что в них содержится масса указаний для всевозможных ферментных систем клетки относительно того, что и как делать с этой конкретной мРНК. В числе прочего, 3’-UTR и 5’-UTR несут инструкции, как долго клеточные машины-разрушители могут игнорировать мРНК (на самом деле, эти сигналы работают несколько сложнее, но сейчас это неважно).

Причем в зависимости от ситуации ген одного и того же белка может копироваться в последовательность мРНК с разными инструкциями – потому что, например, в одних клетках этот белок должен синтезироваться долго, а в других – только некоторое время. Некоторые мРНК и вовсе нужно уничтожить как можно быстрее, потому что гены, чью последовательность они несут, кодируют белки, действие которых должно длиться совсем чуть-чуть – например, гены цитокинов. Эти белки призваны позвать на помощь иммунные клетки к месту битвы с врагом, где наблюдается перевес сил противника, и, наверно, за год ковида все уже выучили, что, если цитокины работают слишком долго, это приводит к катастрофическим последствиям. Но, в любом случае, клетки не любят, когда в них скапливается много лишнего, поэтому все отработавшие структуры должны быть уничтожены в особых компартментах – и сигналы, которые необходимы для транспорта отживших свое структур туда, тоже находятся в нетранслируемых участках.

Контринтуитивно, 5’-UTR находится перед последовательностью, несущей собственно ген, а 3’-UTR идет сразу за ней. Главные инструкции, касающиеся времени жизни мРНК, находятся в 3’-UTR, то есть в хвосте мРНК. В последовательности 3’-UTR мРНК от Pfizer/BioNTech нет так называемых AU-богатых участков (то есть участков, состоящих преимущественно из нуклеотидов А и У или Ψ), которые служат сигналом для ферментов-разрушителей. Разработчики присоединили к мРНК спайк-белка 3’-UTR без таких сигналов, чем значительно увеличили ее стабильность. Кроме того, в 3’-UTR дополнительно внесены две последовательности, которые существенно – примерно вдвое – продлевают время жизни мРНК в цитоплазме по сравнению со средней клеточной мРНК. Эти последовательности скопированы из генов белков, которые должны работать в клетке долго. Ученые, занимающиеся разработкой технологии терапевтических мРНК (а это далеко не только антиковидные вакцины), специально искали такие продлевающие жизнь мРНК последовательности, долго и нудно проводя скрининг всех клеточных мРНК.

Над 5’-концом вакцинной мРНК разработчики из Pfizer/BioNTech тоже поработали. Именно с этого конца рибосома начинает синтезировать белок, считывая информацию, закодированную в мРНК. 5’-UTR не только служит физическим местом посадки рибосомы, но, точно так же, как 3’-UTR, несет дополнительные инструкции, как именно нужно считывать эту мРНК. 5’-UTR участок вакцины от Pfizer/BioNTech содержит инструкции, скопированные с 5’-UTR участка мРНК белков альфа-глобинов, работающих в эритроцитах – красных кровяных клетках. У эритроцитов нет ядра, поэтому пополнить запас мРНК неоткуда. При этом, в среднем, каждая красная клетка крови живет около четырех месяцев, и все это время в ней синтезируются необходимые белки. Многодневная стабильность нужных мРНК и непрерывный синтез белков с нее обеспечивается особыми последовательностями в 5’-UTR участке, которые и заимствовали создатели вакцины.

Еще пара модификаций по мелочи. К 5’-концу мРНК присоединена особая химическая структура под названием кэп (от английского cap, то есть кепка или шапка). мРНК без кэпа немедленно распознаются клеточными стражниками как вирусные и уничтожаются. Кроме того, «правильный» кэп способен существенно повысить эффективность трансляции, то есть синтеза белка. Работая над терапевтическими мРНК, ученые пробовали разные варианты кэпов, и тот, что использовали создатели вакцины от Pfizer/BioNTech, дает один из самых высоких уровней трансляции.

После кэпа и 5’-UTR находится так называемая последовательность сигнального пептида, она же лидерная последовательность, которая определяет, куда должен отправиться синтезированный с этой мРНК белок. В данном случае это место – эндоплазматический ретикулум (ЭР), где на белки навешиваются всякие нужные довески (собственно, все белки в ЭР и синтезируются, но потом они могут отправиться в разные места). Последовательность настоящего вирусного спайк-белка тоже содержит лидерную последовательность, определяющая, что его необходимо оставить в эндоплазматическом ретикулуме. Там на спайк-белок навешиваются цепочки из сахара под названием манноза, потому что вообще-то спайк-белок – вовсе не белок, а гликопротеин, то есть белок с привинченными к нему сахарными остатками (которые, на минуточку, закрывают от иммунной системы значительную часть поверхности спайка, мешая производить антитела к ней). Воспроизвести нативную конформацию и все химические модификации крайне важно, потому что при встрече с реальным вирусом иммунная система увидит именно такой спайк. Если спайк-белок из вакцины не будет похож на настоящий, то, тренируясь на нем, иммунная система научится производить антитела, которые будут плохо распознавать реальный спайк, а это не то, что нам надо.

Еще одна особенность, также продлевающая время жизни мРНК в цитоплазме – длинный поли(А)-хвост. Этим термином называют последовательность нуклеотидов под названием аденозин (монофосфат), которой заканчивается любая мРНК. Поли(А)-хвост выполняет много разных функций, например, помогает рибосоме слезть с мРНК, когда трансляция закончена. Кроме того, на длинную цепь аденозинов садятся многие белки – скажем, те, которые перетаскивают мРНК из ядра, где она синтезируется, в цитоплазму, где находится ее место работы, или белки, защищающие мРНК от разрушения. Со временем поли(А)-хвост укорачивается, защитные белки перестают помещаться на нем – и такие куцые мРНК узнаются белками-разрушителями. Поэтому чем длиннее цепочка аденозинов на конце мРНК, тем дольше она будет жить в цитоплазме. У вакцины от Pfizer/BioNTech поли(А)-хвост состоит из 110 аденозинов – это много.

Как видно, мРНК-вакцина – не просто скопированная в РНК последовательность гена спайк-белка, а сложный биотехнологический продукт, результат долгих лет исследований, плотно нашпигованный разными хитрыми молекулярно-биологическими ухищрениями (и это мы еще не обсуждали липидные нанокапсулы, внутри которых мРНК-вакцина попадает в организм, там тоже много всего). Из всех имеющихся вариантов этот больше всего похож на вакцину будущего.

Тем удивительнее, что простые в исполнении и незамысловатые по идее векторные вакцины (чего там: взяли ген спайк-белка и заклонировали в аденовирусный вектор, задача для курсовой работы студента-четверокурсника биофака – хотя у AstraZeneca в гене спайка таки оптимизированы кодоны), вроде бы, демонстрируют сравнимую эффективность – впрочем, во-первых, пока у нас есть данные только по краткосрочной перспективе и мы пока не понимаем, насколько значим будет неизбежно возникающий аутоиммунитет к вектору, а во-вторых, испытания обеих публичных векторных вакцин – «Спутник V» и «оксфордской вакцины» от AstraZeneca, – по сути, провалились (на всякий случай, поясню, что "испытания провалились" не равно "вакцина плохая", в данном случае это означает, что нужны дополнительные испытания). Так что, как говорится, будем посмотреть.

[1] - Реверс-инжиниринг исходного кода коронавирусной вакцины от компаний BioNTech/Pfizer

Текст утащен отсюда:
https://www.facebook.com/irina.yakutenko/posts/10158828440654800

Штурм Капитолия

2021-01-07T13:03:54.397Z

Пока белорусские идеологи отмечают православное рождество и ещё не взялись за свои говномёты по мотивам происходившего вчера в Вашингтоне, отметим пару моментов.

Во-первых, право протестовать против сомнительных выборов есть не только у белорусов. Да, звучит дико, у многих оно вызывает приступ "вы не понимаете, это другое", но это именно так. И да, эти протесты может организовывать даже (пока ещё) действующий президент, у него тоже есть такое право, как и у любого другого гражданина.

И уважать это право надо даже у тех, с кем вы несогласны.

Если же включать применительно к этой ситуации "это другое" то вы неизбежно обнаружете себя там же, где очутился господин Макфол:

Во-вторых, на фоне BLM происходившее вчера выглядит выглядит просто досадным недоразумением. Основаная масса протестующих (а их было около миллиона) дисциплинировано оставалась на улице, на фотографиях видно, что внутрь Капитолия проникло несколько сотен человек, причём многие из них были явные фрики. Им особо не препятствовали, охрана даже спокойно делала селфи вместе со спокойными в основной своей массе прорвавшимися фриками (всех их потом по этим фотографиям найдут и осудят). А тех немногих, которые были по-настоящему буйными охрана так же спокойно угомонила привычным для США огнестрельным способом (4 убитых). Там это почти норма, а требованиям наставившего на вас оружие силовика лучше подчиняться, как бы вы не были возбуждены, и это не только США касается.

После событий 2010-ого года беларусы должны хорошо понимать, что контролировать достаточно большую толпу невозможно, в ней всегда найдутся или провокаторы, или просто буйные. Но это не значит, что вина за штурм Капитолия лежит на организаторах массового мероприятия, на Трампе, очень врядли, что он непосредственно руководил штурмом Капитолия. При иной логике вам придётся признать, что массовые протесты в принципе недопустимы, ведь в толпе всегда окажутся провокаторы или буйные, и они отправятся что-нибудь штурмовать, вина за что ляжет на организаторов мирного протеста.

Задача контроля уровня насилия в ходе протестов лежит на правоохранительных органах, именно они уполномочены применять насилие, необходимое для её решения. Организаторы протеста насилие применять не в праве, они могут лишь призывать к порядку. Кроме того, правоохранителей всё равно свозят к любому протесту в достаточном количестве и качестве, чтобы сдерживать уровень насилия в рамках разумно допустимого.

Вина на организаторов протеста ложится только в случае доказательства их непосредственно участия в организации именно актов насилия, а не протестов как таковых.

И наконец, в-третьих. Очень странно ставить в вину Трампу организацию массовых протестов после куда более разрушительных протестов BLM, которые если и не были изначально (а может и были), то определённо в какой-то момент стали частью политтехнологий демократической партии.

Обама, который до выборов активно защищал право протестующих BLM делать всё то что они делают и так, как они это делают, после успешных для него выборов переобулся и сейчас защищает правоохранителей и призывает их взять под контроль всю деятельность BLM, антифа и прочих таких же.

В протесты там заигрались обе стороны.

Теперь у Трампа одна надежда на репрессии со стороны новой власти, чтобы хотя бы так слепить себе образ мученика. Но надежда хлипкая — вероятнее всего, ему дадут досидеть оставшиеся две недели и бесславно кануть в Лету. В соцсетях его забанили, а кроме как писать в твиттер, он все равно ничего не умеет. И можно ожидать что теперь за него усиленно возьмутся налоговые ведомства.

Контрагрументация к “Masks don’t work”

2021-01-05T12:45:34.784Z

Об авторе:

Security/CBRN specialist. King of Nerve Agent Twitter. Former US Army and USSS. Author. Freeman of London. Author of 'Toxic': A History of Nerve Agents, From Nazi Germany to Putin's Russia

Ok. Time for a Captain Dan thread on a useful and timely subject. Let’s address this “Masks don’t work” argument that people are making.

Lots of misinformation and disinformation are floating around and it is time to cut through this.

There’s plenty of smart people on here with specialised expertise that runs deep into some of the niches of knowledge here.

I am happy to signpost to deeper dives. I will pin this thread to my profile when done.

Wherever possible l I refer to the DOI of a technical work.
[If you don’t know what a DOI is, look it up]

Wherever relevant, I mention if this work is a “pre-print” i.e. not yet through peer review. There’s several operational and technical components to this subject:

How particles (including viruses) behave and act in the air
How particles (including viruses) behave once inhaled
The role and mission of a mask in all of this
How a mask works

Part 1 – How the virus behaves in the air

A Sars-COV-2 virus is very small. Much fuss is made about how small these viruses are. A single SARS-Cov-2 virus particle is about 100 nanometers in diameter. DOI: 10.7554/eLife.57309

Note: There are smaller viruses in nature, e.g. polio

The important thing to understand here is that there are not any real mechanisms by which a single virus particle exists on its own floating in the air.

Single 100 nm virus particles of SARS-COV-2 don’t end up floating around in the air on their own very much.

The size of an individual virus particle has little to do with the size of the stuff floating around in the air. This is from DOI 10.1128/MMBR.00002-08

The same DOI tells us “While single virus particles exist in the air they tend to aggregate rapidly.”

Various other articles tell of the problems in actually creating single-virus aerosols for study purposes, giving us a clue that maybe an easy mechanism for such doesn’t easily exist much in nature.

The mechanisms by which SARS-Cov-2 viruses are floating about in the air are generally coughing, sneezing, breathing, and various aerosol generating procedures.

By “aerosol generating procedures) I generally mean medical and dental procedures that will suspend infectious material from someone with the disease.

Coughs, sneezing, and breathing create a mix of larger droplets and “aerosols”. Aerosols are finely divided mists of small drops/particle.

Size distribution of particles from coughing, sneezing, and breathing is a phenomenon well-studied long before COVID-19.

I now refer you to an excellent article “Particle sizes of infectious aerosols: implications for infection control” in the Lancet. doi.org/10.1016/S2213-…

This graphic, drawn from the previous cite, looks at flu. (Influenza having had much study over the years)

Bottom line: In time of COVID, we’re worried about a large spectrum of stuff, ranging from the rare occurrence of single particles at 100 nm (0.1 µM) all the way up to massive droplets of sputum.

Fixating on the minimum end (0.1 µM) of the hazard spectrum is counterproductive. Very little of the threat will be at the 0.1 µM size

This article talks about modelling SARS-Cov-2 aerosols. doi.org/10.1371/journa…

TLDR; not much at the small end

Part 2 – How virus particles behave in the lungs

OK, so we’re walking around in a soup full of virus-laden aerosols and droplets. How do these behave in our lungs?

If you inhale aerosols and droplets, there’s some stuff I’ve borrowed from the CDC, here: cdc.gov/niosh/topics/a…

[By all means, if you have a better model for deposition, let me know]

If you inhale a biological aerosol, whether it be viruses, fungi, anthrax spores, etc, there’s a number of things that could happen to those particles.

First, a lot of it is breathed right back out. You breathe it in, and it doesn’t lodge in your body.

Second, it can get stuck in your upper airway – your nose, mouth.

Third, it can get stuck in your trachea-bronchial plumbing.

Fourth, it can actually get deposited in your lungs where it can, depending on size, get exchanged into your blood. This is called alveolar deposition.

Here’s an excellent graphic

I’ve annotated it here… The shaded red line is about where the individual virus particle size is for SARS-COV-2, you can ignore the chart to the left of that mark for our purposes.

So, at the bottom end of our threat scale, 0.1 µm – something like 70% of the stuff you breathe in does not get deposited. You breathe it in and breathe it back out.

It’s a far more dangerous story at the ±5 µm size range, for several reasons. One is that a much higher percentage, 80% of the stuff, gets stuck in your body.

The other reason is that a 5 µm droplet will have a LOT more virus in it than just one or two particles.

This particular deposition model was based on studies for radioactive particulates, but aerosol physics being what it is, it is a useful guideline nonetheless.

Alveolar absorption is important in this COVID-19 stuff as one of the ways that this coronavirus sneaks into the human body is by evading immune system detection by alveolar macrophages. doi.org/10.15252/embr.…

The absorption through alveoli would be the most efficient way to get a virus into one's system. There's more defenses the further up the tract you go.

Part 3 – The role and mission of a mask in all of this

Given all of this, what is it that we expect a mask to do?

A mask/respirator is a form of respiratory protection. No form of respiratory protection is perfect. Rejecting masks because they are not perfect is unrealistic.

Forms of respiratory protection that provide a high level of respiratory protection are not perfect. Military CBRN masks and firefighter SCBA are not perfect. (Indeed, in some ways they have problems in pandemic environments...)

Some person has told me that I need to "skip this argument". I will not.

In the context of a viral pandemic, we expect masks to do things - mitigate against what we inhale and mitigate against what we exhale. The latter is just as important as the former.

In terms of mitigating against what a person inhales, the point of a mask is not to completely block inhalation of viruses. Such a standard would be impossible to comply with

What the mask is trying to do, in terms of respiratory protection, is to reduce the amount of viral material you inhale.

In practical terms, what you are trying to do with a mask is to reduce the possibility of inhaling an infective dose.

There’s a concept called minimum infective dose. One virus particle of Sars-COV-2 is not going to give you the illness. A million will definitely do it

How many viruses does it take? One estimate is that it takes between 100-700 viruses absorbed into your system. (It’s a preprint) doi: 10.20944/preprints202007.0613.v3

Review of Infective Dose, Routes of Transmission, and Outcome of COVID-19 Caused by the SARS-CoV-2 Virus: Comparison with Other Respiratory VirusesSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is pandemic. Prevention and control strategies require an improved understanding of SARS-CoV-2 dynamics. We did a rapid review of the liter…

http://preprints.org/manuscript/202007.0613/v3

Now, inhaling 10 viral particles a day over the course of 70 days doesn't add up to 700 viruses in your system...

But what you are trying to do is to have a fighting chance at stopping the 3 or 4 droplets that might add up to enough viruses that will make you sick

On the exhalation side, which is part of the equation that people aren't paying as much attention to (and being completely ignored by anti-maskers) is the operating assumption that you might be sick and thus breathing out nasty viruses.

A reasonably high percentage of COVID+ people are asymptomatic. They could be spreading the virus around and not knowing it.

Using a mask for exhalation control, trapping the stuff that you are breathing out, is as important to the overall defensive issue as protecting against what you are breathing in.

The more that people where masks [and wear them properly] the less virus that is circulating around in droplets and aerosols in the air. Wearing a mask reduces the overall danger of the environment.

Now, we'll get to Part 4 - Are masks any good at this anyway? But I have some errands to run and things to do first.

I'm back from my errands. I wore a mask.

Always model the behaviour you expect in others.

Part 4

So, Part 4 is really Part 4 and Part 5. I've divided it in 2. Part 4 is "how do masks work anyway?" and Part 5 is "How do we know it makes a difference"

So, here's the revised "Part 4: How do masks work".

I can divide respiratory protection into 3 categories, of which only 1 is relevant to this discussion.

The first category is "supplied breathing gases" - this is a category that includes SCUBA gear, firefighting SCBA, space-suits, and other such devices and systems that give you clean stuff to breath from a supplied source.

The third category is "bag over your head" and "holding your breath" and you will eventually die or collapse. So that's not really relevant either.

So, we're really talking about "air purifying respirators" - something that uses the ambient air and does something to exclude some of the contents of the ambient air.

Now, this is a broad category ranging from highly sophisticated PAPR devices all the way down to your old underpants over your head.

I make reference to 2 books I happen to have cadged for free off of one of my publishers. I recommend both.

So, if you are going to have a breathing device that tries to purify the air, there's four main approaches: Filtration, Adsorption (note the d, not b), Impregnants, and reactive species.

Filtration is the one we're mostly talking about here. The other 3 I will dispense with in summary fashion .

Adsorption is what happens with gas and vapour molecules, such as with charcoal/carbon filters. Gas and vapour are removed from that air by sticking them on the surface of some material, like activated charcoal.

Impregnants and reactive species are things that can actually have a physical reaction with one of the bad things you are trying to eliminate from the breathing air.

An example would be the chromium that was added to the filter of the US military M17 protective mask to increase protection against hydrogen cyanide and cyanogen chloride

But mostly, for the stuff you're expected to wear at the supermarket, filtration is the key tactic.

Now, I am going to go out on a limb here and say that most of you actually don't know how filtration works in this application. Some of you do because I have some smart people following me.

[Commercial break: Smart people follow Dan.]

OK. Here's the quick and dirty on how filters work. Cite: pp 89-95 of Dickson, Eva F. Gudgin. Personal protective equipment for chemical, biological, and radiological hazards: design, evaluation, and selection. John Wiley & Sons, 2012.

An "air purifying element" that works by filtration has pores. Small holes in which some stuff, e.g. the nitrogen and oxygen in air, can freely pass. But other stuff gets blocked.

But how? There's lots of clowns and buffoons on this hell-site that subscribe to what I can only describe as "The Colander Theory" of filtration.

Pores have size and thus anything smaller than the size of the pores flows through the filter, obviously?! Ummm, not quite.

Air filter materials use 6 different mechanisms to stop stuff from flowing through them. Let's talk through them.

Sieving. This really is the colander effect. Bad stuff is captured when particles are simply too big to pass through the pores. HOWEVER, this is usually only relevant for the larger particles/droplets. But it can be significant a 10μm droplet can have squillions of viruses in it, so the sieving effect is not unimportant
Gravitation sedimentation. Particles are not immune to gravity. Some of them will be pulled down towards the center of the earth. In a mask, this means deposition onto a fiber by force of gravity. This is generally a small net contribution, particular in thin filter media. It's more important with the bigger particles/droplets, i.e. bigger than 10μm
Interception: The pores on your filter are not going to line up evenly. Stuff going through a filter has to follow a zig-zag pattern due to air flow. A lot of stuff will end up running into fibers.
Interception is a primary factor in the 0.1 to 1.0 μm size range
Inertial impaction: Physics applies here. Even the smallest virus particle has inertia. Some of these particles simply will not have the turning radius to go around every fiber in that zig zag path. The air flow won't be enough to get them to make the corners, so to speak.
Inertial impaction becomes very important over 1 μm - i.e. in the range we are most worried about.
Ironically some filters might work better when "clogged" - the fluid path becomes more zig-zaggy....
Mechanism 5 is diffusion. But this is really for the really small stuff, <0.1μm and involves "Brownian motion" causing collisions and captures. It might be important if we were looking at just single virus particles.
Electrostatics. This should not be underplayed. This is capture of particles/droplets because they are attracted to the fibers of the filter by means of electrical charge attraction.

N95 masks rely quite a lot on this.

Some references on the electrostatic stuff: pubs.acs.org/doi/10.1021/ac…

Filtration Efficiencies of Nanoscale Aerosol by Cloth Mask Materials Used to Slow the Spread of SARS-CoV-2Filtration efficiency (FE), differential pressure (ΔP), quality factor (QF), and construction parameters were measured for 32 cloth materials (14 cotton, 1 wool, 9 synthetic, 4 synthetic blends, and 4…

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsnano.0c05025

Recharging and rejuvenation of decontaminated N95 masksN95 respirators comprise a critical part of the personal protective equipment used by frontline health-care workers and are typically meant for one-time usage. However, the recent COVID-19 pandemic...

https://aip.scitation.org/doi/full/10.1063/5.0023940

The electrostatic stuff may even be a reason to have multiple types of fabric in a mask. See:

Aerosol Filtration Efficiency of Common Fabrics Used in Respiratory Cloth MasksThe emergence of a pandemic affecting the respiratory system can result in a significant demand for face masks. This includes the use of cloth masks by large sections of the public, as can be seen dur…

https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acsnano.0c03252

Even a simple cloth mask relies on these 6 capture mechanisms to one extent or another.

Now, let's go on to Part 5. Does any of this work?

OK. In order to answer this, we have to combine what we've learned from parts 1 thru 4. Let me see if I can sum up the issues so far....

Here's the key pearls of wisdom. Part 1: We're mostly NOT chasing sing 0.1 μm virus particles.

Part 2: The stuff in the 1 to 10 μm is bad stuff, lodges in your lungs. But we can't totally ignore the other stuff. Geometry tells us that a 5 μm droplet could have thousands of times more viruses than a 0.2 μm droplet.

Part 3. Masks are as much about breathing out as breathing in.

Part 4. Masks use a variety of mechanisms to actually do their job, even if the mask is some old pants.

I'm also going to add in that a mask is not a cure-all. It is part of a spectrum of defences, including good ventilation, reduced number of contacts, and distance.

With or without a mask, distance is your best defence against the big droplets.

So, what DO we know about masks?
1. Aerosol filtration efficiency of cloth masks
pubs.acs.org/doi/abs/10.102…

Key takeaway - fit is important. Mind the gaps.

Here's one from @nature about exhalation
nature.com/articles/s4159…
"These observations directly demonstrate that wearing of surgical masks or KN95 respirators, even without fit-testing, substantially reduce the number of particles emitted from breathing, talking, and coughing"

Efficacy of masks and face coverings in controlling outward aerosol particle emission from expiratory activitieshttps://www.nature.com/articles/s41598-020-72798-7

Remember, the idea is not to totally exclude all virus particles. Such a goal is impossible. You are using the mask to reduce the numbers, both for what you inhale and for what you force others to inhale because you exhale.

This article found a wide range of filter efficiencies jamanetwork.com/journals/jamai…. However, even at the bottom end of the study, 26.5% efficiency is significant enough to keep some people from getting sick. And that was the extreme low end

That latter study also identified various modification that can work to improve filtration efficiency.

This study compared the effectiveness of various common cloth materials. TLDR: they're not bad. ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P…

The bottom line is that masks are not a cure-all. But they do have some usefulness in fighting this dreaded pandemic. There's lots of stuff on Google Scholar.

I tell you what I can't find... I can't find serious science saying "don't bother", I can't find serious science saying "the virus is too small to be filtered"

What I can find, though is science saying you need to wear your mask the right way, i.e. cover your damned nose.

Also, treat your mask as if its contaminated. Wash your hands after handling it.

End thread. This took me all damned day. Have a nice day and stay safe, folks.

* Компиляция из вот этого текста в твиттере:
https://twitter.com/DanKaszeta/status/1346063640034738176

Клеточный иммунитет у нейронов

2021-01-03T13:56:25.540Z

Клеточный иммунитет построен на том, что иммунные Т-киллеры убивают заражённые вирусом клетки обнаруживая их по антигенам - фрагментам вирусных белков, которые выбрасываются на поверхность клетки. Однако с нейронами Т-клетки напрямую не взаимодействуют, клеточный иммунитет у нейронов устроен несколько иначе. Заражение нейронов вирусом обнаруживают другие иммунные клетки – микроглии, макрофаги центральной нервной системы.

Микроглии распознают вирусные антигены на заражённых нейронах при помощи специализированных клеточных рецепторов, либо подобрав целый вирус, после чего презентуют эти антигены Т-лимфоцитам.

В ответ Т-лимфоциты выбрасывают ряд противовирусных молекул, однако нейроны при этом не гибнут. У Т-клеток активируется специальный механизм защиты, которые позволяет избавиться от вируса, не уничтожая заражённые клетки: те молекулы, которые выделяют Т-клетки, помогают заражённым клеткам самим избавиться от вирусного заражения. Собственно, о том, что мозг от обонятельного заражения защищён именно Т-лимфоцитами, было известно и раньше, однако до сих пор не было понятно, как именно действуют иммунные клетки.

https://immunology.sciencemag.org/content/5/48/eabb1817