Обычные места для путей в Ubuntu

Логи

/var/log/nginx/access.log - лог доступа к nginx
/var/log/nginx/error.log - лог ошибок nginx

Nginx

/etc/nginx/conf.d - место для хранения конфигов сайтов
/etc/nginx/sites-available – устаревшее место для хранения конфигов сайтов
/etc/nginx/sites-enabled – устаревшая папка

Letsencrypt

/etc/letsencrypt/live - тут лежат сертификаты letsencrypt

php.ini

/etc/php/7.4/fpm/php.ini – если используется php-fpm
/etc/php/7.4/cgi/php.ini – если используется fastcgi
/etc/php/7.4/cli/php.ini – при запуске из консоли