Масштабный анализ Вологодской выборки (Часть 1)
Вологодская (она же HGDP) выборка русских была собрана около населённого пункта Коноша, который находится на границе современной Архангельской и Вологодской области. Она является самой старой из всех используемых в рецензируемых исследованиях, и при этом самой широкой выборкой русских из одного региона. В неё входит 24 образца, которые не являются аутлайерами. Важное замечание - подсчитывались только те образцы, которые находятся в датасете Давида Райха.
Цели исследования - пролить свет на генетический портрет населения ядра русского севера и продемонстрировать инструментарий, который на актуальный момент является основным для генетических анализов нашего проекта.
Набор инструментов - QPadm, PCA (plinkPCA).
QPadm
Инструмент из пакета ADMIXTOOLS, разработанный для оценки пропорций предков (смешения) в целевой популяции из различных источников. Этот инструмент не предназначен для определения источника происхождения, анализ проводится на заранее подготовленном наборе популяций.
В этом разделе мы затронем только раннюю и позднюю бронзу, поскольку по нашему убеждению, эти эпохи вызывают больше всего вопросов у читателей.
Ранняя бронза / Базовая разбивка
Было обсчитано два сценария на основном аутсорсе (набор правых популяций необходимый для моделирования в QPadm). Один из них рассматривает вариант без дополнительной примеси восточных охотников-собирателей сверх той, что присутствует в праиндоевропейском компоненте, другой же с её наличием.
Выборка имеет повышенные показатели степного происхождения (Russia_Afanasievo), по этому показателю она обходит большинство выборок южных русских. Азиатская примесь помещает выборку между центральными и Архангельскими русскими с заметным смещением к последним.
Было выявлено, что помимо привычного для балто-славянских популяций компонента Балтики бронзового века, выборка имеет иранскую примесь, которую по совокупности обсчетов, релевантнее всего можно оценить в 12% или 1/8.
Относительно источников примеси: Вологодская популяция сформировалась на основе двух основных потоков генов - славянского и финно-угорского, большая часть балтийской родословной бронзового века получена непосредственно от славянских средневековых переселенцев, иранская же почти полностью получена от финно-угров.
PCA
На полученном плоте мы отчётливо видим континуальный переход внутри восточнославянских популяций от северных украинцев до русских Красноборского района Архангельской области. Вологодская популяция в силу своих масштабов позволяет в подробностях оценить изменчивость нашего предмета исследования. Южная точка облака находится на границе с Ярославской популяцией, которая распологается чуть южнее Вологодского облака и одним индивидом сближается с Курском, северная точка находится гораздо севернее, чем Красноборское облако, однако при этом между крайними точками прослеживается чёткий континуум. Индивиды расположены равномерно, без экстремальных отклонений, как например в курской или ярославской выборке.
