fdupes

Самый простой и удобный способ удаления дубликатов под Linux (и под FreeBSD тоже) - утилита командной строки fdupes.

Например, так:

$ fdupes -rdN ~/Downloads

Здесь опции:
-r - сканировать рекурсивно
-d - удалять дубликаты
-N - вместе с опцией -d удаляет копии файла, кроме первой, не спрашивая. При большом количестве отвечать вручную слегка утомительно или даже не реально.

fdupes ищет дубликаты по контрольным суммам, что делает их определение весьма надёжным. Однако, если речь о критически важных местах, лучше не полагаться на автоматическое удаление.

P.S. Это заметка для памяти.