Linux, пропадает свободное место на жёстком диске

Если вы удаляете файлы и место не освобождается по df -h и после перезагрузки вы видите, что все очищено, то попросту посмотрите, а какие процессы или демоны использовали эти полуоткрытые файлы. Пока они не отпустят их, файловая система не обновит свободное пространство.

посмотреть список удаленных, но не отпущенных:

lsof -nP | grep '(deleted)'

попросту перезапустите эти процессы.