Опухолевое микроокружение помогает предсказать ответ на лечение ингибиторами контрольных точек при РМЖ
Китайские коллеги представили мультиомную модель, позволяющей стратифицировать пациенток по риску и прогнозировать вероятность ответа на ИТ.
Прямого сравнения характеристик между молекулярными подтипами в исследовании не проводилось. Вместо этого авторы использовали стратификацию пациентов на основе опухолевого микроокружение.
Авторы использовали данные базы TCGA-BC (n = 1217) и три внешние валидационные когорты GEO. На основании профиля инфильтрации 64 типов иммунных и стромальных клеток (алгоритм xCell) были выделены две иммунные подгруппы:
- C1 — «иммунно-активный» тип: высокая инфильтрация T-, NK- и B-клеток, более благоприятный прогноз.
- C2 — «иммунно-холодный» тип: низкая инфильтрация лимф., но при этом — высокая экспрессия CD274/PD-L1, PD-1, CD47, HAVCR2, IDO1, SIRPA и CTLA4; неблагоприятный прогноз и наименьшая вероятность ответа на ИТ.
Из данных экспрессивных профилей меланомы и рака легкого мы знаем что высокая экспрессия иммунологических чекпоинтов связана с активацией интерферонового сигнального пути и более высокой чувствительностью к иммунотерапии. Однако авторы данной работы полагают, что высокая экспрессия не всегда отражает активный иммунный ответ — в данном случае она связана с супрессией и истощением Т-клеток. Это подтверждается тем, что TIDE score у пациенток из группы C2 был значительно выше.
📊 Дальнейший шаг — прогностическая модель:
С помощью WGCNA, LASSO и Cox-регрессии построена модель из 12 генов, позволяющая разделить пациенток на группы высокого и низкого риска. Валидация проведена во всех когортах, AUC ROC стабильно превышал 0.75.
🔬 Роль клеточных популяций (scRNA-seq):
На основании данных scRNA-seq авторы оценили вклад отдельных клеточных популяций. Ключевыми оказались эндотелиальные клетки (EC) — их доля была значительно выше у пациенток из группы высокого риска и коррелировала с неблагоприятным прогнозом.
💡 Комбинированный подход:
Объединив модель риска и долю EC, исследователи выделили 4 подгруппы пациенток.
Особо выделяется группа с высоким риском и высокой долей EC — именно у них наблюдались наихудшие показатели выживаемости и наименьшая вероятность ответа на ИТ. Напротив, сочетание низкого риска и низкой доли EC характеризуется наилучшими исходами.
Осталось придумать как использовать эти знания при планировании клинических исследований )