Гидропониканинг камчиликлари:

* Гидропоникада экин ўстириш осон иш эмас. У билан шуғулланмоқчи бўлганлар махсус билим ва тажрибага эга бўлиши керак.
* Иссиқхона қурилиши катта маблағни талаб этади.
* Узлуксиз сув ва электр энергияси керак.
* Маҳсулот ишлаб чиқаришдаги техник хатолар тупроқда ўстиришга қараганда тезроқ ва жиддийроқ сезилади.
* Электр воситалари, ускуналар ва компьютер дастурлари орқали бошқариш тўғри ишлаётганлигини доимий назоратга олиш лозим. Чунки микроиклим ва озиқланиш шароитлари орқали келиб чиққан физиологик бузилишлар рўй бериши мумкин.
* Гидропоникада экин етиштириш талаб даражасида амалга оширилмаса, экологиянинг ифлосланишига олиб келади. Полиэтилен плёнка ва кимёвий ўғитлар атроф-муҳитни кам бўлса-да ифлосланишига олиб келади.