Старый друг лучше новых двух: динамика циркуляции вариантов SARS-CoV-2 в России и Европе в 2025 году

Канал автора здесь.

Введение

Тема коронавируса SARS-CoV-2 практически исчезла из российских и мировых медиа после событий февраля 2022 года. Ограничения, введенные в 2020-2021, были повсеместно отменены, а эксперты по иммунологии и вирусологии стали политологами и военными экспертами. Сам коронавирус тем временем никуда не делся и продолжил свой вояж по организмам разнообразных шерстяных и кожаных мешков, но уже в тени геополитики и катастрофических разрывов картины мира у значительной части населения планеты, считавшей себя цивилизованной.

Эволюции, как известно, геополитика малоинтересна, поэтому потомки омикрона B.1.1.529 активно видоизменялись и рекомбинировали все эти годы с 2022 по сей день. Во второй половине 2022 года буквально из ниоткуда возник вариант XBB, появившийся на свет в результате рекомбинации между двумя потомками BA.2 - BJ.1 и BM.1.1.1 - со стыком в области рецептор-связывающего домена (RBD) гена S [1]. У XBB было преимущество по приспособленности по сравнению с обоими родительскими вариантами, поэтому XBB трактуется как один из первых примеров заметного прироста приспособленности SARS-CoV-2 через рекомбинацию. В экспериментах XBB показал выраженное ускользание от нейтрализующих антител (по сывороткам переболевших более ранними вариантами омикрона) и повышенную фузогенность (способность индуцировать слияние мембран и, например, образовывать синцитии) по сравнению с BA.2.75, тогда как вирулентность на животной модели была сопоставимой или ниже, чем у BA.2.75.

Чтобы сделать взаимоотношения между этими номенклатурными кодами-названиями вариантов чуть более читаемыми, я составил древовидную схему, иллюстрирующую взаимоотношения всех упомянутых в статье вариантов (Рис. 1).

После появления XBB наиболее успешным его ответвлением стал XBB.1.5, известный ширнармассам под никнеймом Кракен. Он сохранил выраженное иммунное ускользание, но за счет замены S:F486P стал лучше связывать рецептор ACE2 и, похоже, благодаря этому получил эволюционное преимущество в начале 2023 года [2, 3]. Далее эволюция XBB шла во многом конвергентно: ряд потомков (включая EG.5.1 Эрис, FL.1.5.1, HK.3 и HV.1) независимо набирали изменения в RBD в позициях 455–456 (L455F/F456L) и сопутствующие замены (например K478R/L452R), что связывают с усилением ускользания от антител и стабилизацией взаимодействия с ACE2 [4]. При этом, по данным отслеживания эволюции SARS-CoV-2, многочисленные потомки XBB часто конкурировали друг с другом (несколько групп достигали заметной доли, но без устойчивой доминанты - позже мы еще увидим похожий паттерн), что подчеркивает быстрое перетекание преимуществ между близкими подлиниями XBB в 2023 году [5].

BA.2.86 Пирола появился в конце 2023 года как филогенетически обособленная ветвь внутри омикрона (BA.2) с необычно большим числом замен в S-белке (сообщалось о более 30 аминокислотных заменах в спайке), что сразу вызвало интерес с точки зрения иммунного ускользания.[6, 7] В работе Tamura и соавторов [6] BA.2.86 по моделированию эпидемиологической динамики имел более высокий репродуктивный потенциал по сравнению с доминирующим тогда потомком XBB - EG.5.1 Эрис. При этом в экспериментах in vitro и in vivo вариант Пирола демонстрировал более низкую эффективность репликации и меньшую патогенность на животной модели, а чувствительность к ключевым противовирусным препаратам оставалась сопоставимой с EG.5.1. Все это вписывается в логику эволюции омикрона последних лет: конкурентоспособность все больше определяется балансом трансмиссивности и иммунного ускользания, а не повышением тяжести заболевания [8], что является в каком-то смысле сдвигом в рамках эпидемиологической концепции trade-off, подразумевающей компромисс в эволюции патогена между вирулентностью и трансмиссивностью [9] (подробнее ниже в секции Обсуждение).

Вопреки опасениям, сам по себе вариант Пирола особенного распространения не получил. Возможно, не в последнюю очередь благодаря своему более успешному потомку JN.1: ВОЗ указывает, что его самый ранний образец датируется 25 августа 2023 и отмечает, что уже к весне 2024 JN.1 составлял подавляющую долю доступных геномов в GISAID при оценке дополнительного риска как низкого на глобальном уровне [10] (Рис. 2). На молекулярном уровне JN.1 отличался от ближайших сублиний BA.2.86, в частности, дополнительной заменой в S-белке (F455S/L455S), и в экспериментальных работах отличался более выраженным ускользанием от нейтрализующих антител по сравнению с BA.2.86.1 при сопоставимой репликации в первичных эпителиальных культурах дыхательных путей [7, 8]. Уже в 2024 году JN.1 быстро породил новую волну успешных потомков (семейства KP.2, KP.3, LB.1 и прочие), многие из которых конвергентно накапливали мутации RBD, усиливающие ускользание от нейтрализации антителами (например R346T, F456L, Q493E), что отражалось в росте их долей в данных [11, 12, 13]. Параллельно возникали и новые рекомбинанты, подсвечивая роль рекомбинации как дополнительного драйвера адаптивной эволюции SARS-CoV-2 в пост-XBB эпоху [5].

Таким образом, в 2025 год человечество входило с линейными и рекомбинантными потомками JN.1, распределенными в разных пропорциях по частям света. В этой статье мы поговорим о том, что было дальше: что именно происходило с эволюцией SARS-CoV-2 в 2025 году в России и странах Европы. Идеологически эта работа является продолжением старых заметок "Кухонная молекулярка: омикрон в России" и "Дети омикрона" от 2022 года [14, 15]. Это объемный материал; краткое резюме будет опубликовано в самом канале вместе со ссылкой на статью.

Материалы и методы

Источник данных и критерии включения

Для анализа генетического разнообразия SARS-CoV-2 в 2025 году использовали метаданные из базы GISAID EpiCoV, включающие записи о вирусных геномах с указанием даты взятия образца, страны происхождения и линии по номенклатуре Pango (варианта). Выгрузка осуществлялась вручную через интерфейс EpiCoV после применения фильтров по региону и периоду наблюдения (01.01.2025 по 31.12.2025) и сохранялась в формате TSV.

Для сравнения были сформированы два набора: Европа (все европейские страны, доступные в фильтре GISAID, за исключением Российской Федерации) и Россия. В итоговые таблицы включались записи с ненулевой датой взятия образца и заполненным полем линии Pango. Данные представляют собой удобную выборку доступных последовательностей и зависят от интенсивности отслеживания в странах; в частности, объём данных для России был существенно меньше, чем для совокупной Европы (около 3.38 тыс. геномов для России против >60 тыс. для Европы; точные значения рассчитывали по сумме наблюдений в итоговых таблицах). Данное различие учитывали при интерпретации результатов как ограничение сравнения.

Предобработка данных и временная агрегация

Временную шкалу приводили к месячной дискретизации. Для каждой записи определяли календарный месяц по дате взятия образца и агрегировали наблюдения на уровне месяц × вариант, рассчитывая абсолютное число геномов n и долю (процент) данного варианта среди всех геномов, относящихся к соответствующему месяцу и региону.

Весь анализ данных и построение графиков выполняли в среде R с использованием пакетов tidyverse dplyr, tidyr, stringr, ggplot2 и т.д. и вспомогательных пакетов, таких как ggrepel и другие. Для филогенетического анализа гена S из общей выборки были отобраны репрезентативные последовательности для каждой линии Pango - по 1-2 из России и Европы, где возможно -, которые затем выравнивали с помощью MAFFT и строили дерево по принципу максимального правдоподобия с помощью iqtree. Визуализацию дерева осуществляли с помощью пакета ggtree.

Весь код и исходные данные будут размещены в отдельном репозитории на GitHub в ближайшее время.

Определение доминирующих линий и фильтр по частотам

Для повышения читаемости при большом числе линий вводили порог включения линии в основную легенду. Для каждого месяца линии, доля которых была ниже заданного порога (в работе использовали порог 0.035 (3.5%)), объединяли в категорию "Прочее". Доли линий пересчитывали так, чтобы сумма по всем категориям (включая "Прочее") составляла 100% в пределах каждого месяца. Для облегчения интерпретации на столбцы наносили подписи наиболее распространенных линий. В каждом месяце ранжировали линии по доле и отображали подписи только для топ-2 линий, исключая категорию "Прочее".

Чтобы понять, какие линии скрываются в "Прочем", выполняли отдельный анализ без агрегации редких вариантов в отдельную категорию. Для каждого региона оценивали доли линий, попадающих ниже порога отображения (3.5%), и строили отдельные графики в абсолютных долях выборки (т.е. вклад линий, входящих в "Прочее", в общий пул последовательностей), ограничивая снизу частотой в 1.5%.

Результаты и обсуждение

1. Распределение долей вариантов по регионам и времени

1.1 Европа

Несмотря на региональные различия в пределах Европы, хотя в целом описанные тренды были сходными. На рисунке с помесячной разбивкой по странам (Рис. 3) заметно, что в отдельных странах первые месяцы 2025 характеризовались разным набором доминирующих линий. К примеру, в Италии и Испании значительную долю в начале года составляли различные варианты линии JN.1 (например, JN.1.11). В то же время в Нидерландах ощутимую долю в первом квартале имел вариант LB.1.3.1 (также потомок JN.1, но по другой линии), а во Франции - NY.15, линейный потомок LP.8.1.1. Германия и ряд других стран демонстрировали быстрое распространение XEC к началу 2025. Однако, несмотря на эти различия, общий тренд эпидемиологической ситуации по Европе был унифицированным: уже во втором квартале различия стали менее заметными, а в третьем-четвертом кварталах повсеместно наблюдался рост доли XFG.

Таким образом, агрегирование данных по странам Европы в один регион для целей данного исследования представляется обоснованным, поскольку сглаживает локальные колебания и выделяет общеевропейские тенденции.

Анализ агрегированных данных ожидаемо продемонстрировал большое разнообразие вариантов SARS-CoV-2 без ярко выраженного доминирования какого-либо из них в первом квартале 2025 года в европейском регионе (Рис. 4). В январе около четверти образцов приходилось на рекомбинант XEC и несколько его субвариантов - это линия, возникшая путем рекомбинации двух потомков JN.1 - KS.1.1 и KP.3.3 (подробно на схеме на Рис. 1). Доля XEC достигала 26% в январе, однако уже к марту снизилась до 13%, поскольку параллельно циркулировало множество редких вариантов (категория "Прочие" превышала 70% последовательностей в марте). Среди заметных, хотя и уступавших XEC, были его субварианты XEC.2 и XEC.8, а также LP.8.1.1 - дочерняя линия варианта LP.8.1, которая имела локальные подъемы (в отдельных странах) до ~5–7% в марте–апреле. В целом же весной (апрель-июнь) в Европе сохранялась, скажем так, эпидемиологическая мозаичность: на начало апреля совокупная доля всех редких вариантов ("Прочие") достигала порядка 75%, отражая продолжающуюся эволюцию вируса и постоянное появление новых линий. Лишь к концу второго квартала определился новый лидер – вариант XFG, также известный как Страус Стратус, чья доля выросла с 1–2% в начале весны до 26% в июне. Одновременно, к июню заметным (около 7%) был и вариант NB.1.8.1 Нимбус, однако его распространенность оказалась существенно ниже, чем у XFG. Тем не менее, XFG так не выдавил NB.1.8.1 из циркуляции, тогда как линия LP.8.1.1 к лету была практически полностью вытеснена конкурентами.

В третьем квартале (июль-сентябрь) 2025 европейский профиль вариантов определялся полным доминированием XFG. Уже в июле на этот рекомбинант приходилось около 44% секвенированных образцов, а к августу - более половины (54%). Таким образом, XFG стал преобладающим вариантом лета 2025, что соответствует данным глобального мониторинга: по оценке ВОЗ на конец мая XFG составлял 22.7% случаев по миру, уступая лишь варианту NB.1.8.1 (24.9%) и находясь наравне с вариантом LP.8.1 (22.6%) [16]. В Европе к августу среди потомков XFG начал выделяться его потомок XFG.3 (около 6% в августе и до 17% в сентябре), однако совокупная доля всего семейства XFG (сам XFG и многочисленные ответвления: XFG.3, XFG.3.4.1, XFG.5.1 и другие) превышала 60%. Другие варианты во втором полугодии имели заметно меньшую распространенность: так, доля Нимбуса NB.1.8.1 держалась на уровне 4-7%, линия LF.7 (линейный потомок ветки Пирола BA.2.86 и JN.1, см. Рис. 1) сохранялась лишь в следовых количествах (~3-4% в июле–октябре), а состав категории "Прочие" во второй половине года в значительной мере был обусловлен новыми разветвлениями XFG, каждое из которых по отдельности не превышало 3.5% (Приложение: Рис. П1). В последнем квартале 2025 отмечалось постепенное снижение доли корневого рекомбинанта XFG: в октябре XFG и XFG.3 суммарно составляли около 58% последовательностей, однако к ноябрю их суммарный вклад сократился (~43% вместе) за счет роста разнообразия субвариантов. В декабре доля "прочих" вариантов в Европе вновь превысила 60%, что, впрочем, частично связано с уменьшением объема секвенирования (полученных в декабре отсеквенировано существенно меньше геномов, в три раза меньше, чем в октябре - вероятно, еще не все собранные образцы дошли до загрузки в GISAID). Тем не менее, к концу 2025 ни один новый вариант не сумел получить явного доминирования в Европе - наиболее распространенными оставались линии из кластера XFG (XFG ~20%, XFG.3 ~5% и другие).

1.2 Россия

В начале года эпидемиологический профиль России разительно отличался от европейского. В первом квартале (зима-начало весны) более половины всех секвенированных образцов в РФ принадлежало одному варианту - LF.7.1.3 (Рис. 5). Эта линия является потомком варианта BA.2.86 Пирола, если точнее - дочерней ветвью JN.1, и была впервые описана именно в России. В январе доля LF.7.1.3 превышала 52%, в феврале–марте она оставалась на уровне ~45-53%. Таким образом, в России в этот период фактически наблюдалась кратковременная волна, обусловленная этим эндемичным вариантом семейства BA.2.86 Пирола.

Помимо основной линии LF.7.1.3, в стране циркулировали близкородственные субварианты той же линии, получившие обозначения QA.2, QA.3, QA.7 и ряд других (также происходящих от BA.2.86). Их индивидуальные доли в начале года были менее значительны (около 4-6% каждая в январе-марте), однако суммарно они дополняли доминирование семейства LF.7.1. Присутствие рекомбинантов, широко распространенных в Европе (таких как XEC, JN.1.16 и др.), в России зимой 2025 г. было минимальным - они попадали в категорию "Прочие" (Приложение: Рис. П2) или вовсе не обнаруживались.

Во втором квартале 2025 в России произошла смена доминирующего штамма. Уже в апреле доля LF.7.1.3 снизилась до 37%, а к маю - до 26%, однако необходимо учитывать, что количество загруженных последовательностей во втором квартале было крайне низким (Приложение: Рис. П3), поэтому все рассуждения о долях весьма условны. При этом с весны начал стремительно набирать распространение вариант XFG Стратус – если в апреле на него приходилось 4,7%, то в мае уже 11,3%, а в июне XFG стал самым массовым вариантом (33,8% последовательностей). Таким образом, примерно в апреле-мае в РФ завершилось доминирование LF.7.1.3, линии-потомка BA.2.86 Пирола, и к началу лета ее сменила новая волна, связанная с XFG. Одновременно шли на спад и другие связанные с BA.2.86 субварианты (QA.2, QA.3 и ряд других), а также исчезла линия LP.5, происходящая от JN.1.11, другой ветви производных Пиролы, эпизодически достигавшая 6% в марте-апреле. К концу июня картина в России приблизилась к общеевропейской: XFG и его молодые варианты суммарно занимали уже около половины выборки, а доля некогда доминировавшего LF.7.1.3 упала ниже 10%.

В третьем квартале в РФ доминировал вариант XFG, как и в Европе. В июле на его долю приходилось ~66% секвенированных случаев, а вместе с ближайшими сублиниями (XFG.3, XFG.5.1 и другие) - порядка 80%. Таким образом, к середине лета эпидемиологические профили России и Европы стали во многом схожими: одна линия (XFG Стратус) вытеснила прочие варианты. Во второй половине года подавляющее большинство образцов из России образцы относилось к потомкам BA.2.86; единственным исключением стал NB.1.8.1 Нимбус, потомок рекомбинантов в том числе со стороны XBB, изредка встречающийся вплоть до конца года. В сентябре, на фоне продолжающейся циркуляции XFG, в данных наблюдается расщепление основного варианта на несколько дочерних категорий: собственно XFG (23%), а также выделенные субварианты XFG.3 (22%), XFG.5.1 (7,6%), XFG.3.1 (5,9%), а также ряд других (суммарно около 70% на все семейство). Однако это разнообразие было скорее иллюзорным (связано с присвоением новых обозначений родственным вариантам); реальная же картина заключалась в полном триумфе одного кластера вируса - рекомбинанта XFG и его прямых потомков - при очень слабой фоновой циркуляции иных вариантов. В четвертом квартале (октябрь-декабрь) ситуация почти не изменилась: XFG и его субварианты составляли >90% выборки. К ноябрю небольшое число идентифицированных вирусов (<10%) снова начало относиться к "прочим" вариантам, поскольку XFG продолжал дивергировать и отдельные его новые модификации появлялись в выборке с долями ниже порога отсечения 3.5%. В декабре, ввиду крайне малого числа секвенированных образцов (всего 29 геномов), все 100% последовательностей были определены как варианты семейства XFG, в том числе "Прочие" (Приложение: Рис. П2). Среди субвариантов, наиболее заметным кандидатом на доминирование в конце с результатом в 44.8% был XFG.5.1, но это может быть просто артефактом ввиду крайне низкого количества секвенированных декабрьских образцов.

2. Сравнение эпидемиологических профилей России и Европы

Динамика распространения вариантов SARS-CoV-2 в Европе и России в 2025 году имела как сходства, так и существенные отличия. Главное сходство заключалось в том, что в обоих регионах к середине года сформировалось доминирование нового рекомбинантного варианта XFG Стратус. В период с июля по октябрь семейство XFG составляло более половины последовательностей как в совокупной европейской выборке, так и в России. Также общим было и то, что к концу года наблюдался рост генетического разнообразия внутри кластера XFG: вследствие накопления мутаций появились дочерние линии (XFG.3, XFG.5.1, XFG.3.4.3 и другие), каждая из которых по отдельности имела умеренную долю. Таким образом, и для Европы, и для России в 2025 году характерна картина последовательной смены волн субвариантов омикрона (сменяемость доминант в течение года) при отсутствии эволюционно принципиально новых вариантов. Стоит также отметить, что таковые отсутствовали и в других уголках планеты.

Отличия между регионами проявились в основном в первой половине 2025 года. В Европе конец 2024 года сопровождался увеличением доли рекомбинанта XEC (появившегося в Германии в августе 2024 и распространившегося по Старому свету зимой) в циркуляции. Соответственно, в начале 2025 XEC и его семейство (XEC.2, XEC.8 и другие) еще составляли значительную часть геномов в европейской выборке. Однако уже к марту этот кластер начал сменяться новой смесью вариантов, включавшей линии семейства JN.1 - KP.3, LP.8 и другие. В России же на фоне аналогичного эпидемиологического фона доминирующее положение смог занять линейный потомок BA.2.86 и JN.1 - линия LF.7.1.3. Фактически, в России наблюдалось заметно более продолжительное и существенное доминирование одного варианта этого семейства, чем в какой-либо из европейских стран. Этот феномен может быть связан как с эффектом основателя, так и с относительной изоляцией эпидпроцесса - сравнительно медленным проникновением глобальных вариантов в регион - или с особенностями выборки секвенированных образцов. В то время как европейские страны в начале года сталкивались с множеством конкурирующих линий (хотя, например, в Великобритании пару месяцев более-менее устойчиво доминировало семейство XEC), Россия переживала волну, фактически формируемую одним генетическим кластером - сублиниями LF.7.1.

Важное различие проявилось и во втором квартале: в России весной продолжал доминировать вариант LF.7.1.3, тогда как в Европе ни одна линия не имела подавляющего превосходства. Например, в апреле крупнейшая доля одного варианта (LP.8.1.1) в Европе не превышала 7%, тогда как в РФ LF.7.1.3 всё ещё составлял более трети образцов (37.5%). Лишь к июню ситуация выровнялась: российские данные показали резкий рост XFG до 34%, совпадающий с европейскими (26% в июне). При этом другой глобально значимый вариант, NB.1.8.1 Нимбус, имел разную судьбу в двух регионах. В Европе он достиг заметной, хотя и умеренной доли (5-7% летом 2025), тогда как в России этот вариант практически отсутствовал (единичные последовательности, наибольшая доля - 3.52% в июне). NB.1.8.1 имеет филогенетически интересное происхождение, которое будет описано в разделе Обсуждение. Он возник в Азии и распространялся преимущественно в странах Азиатско-Тихоокеанского региона, а в Европе был вторым по распространенности вариантом к концу весны; правда, на фоне эволюционной борьбы множества линий и постепенного подъема XFG доля NB.1.8.1 составляла всего около 7 процентов, но и этого хватило, чтобы стать вторым. Но в Россию NB.1.8.1 Нимбус так и не проник в значимых количествах, уступив место под солнцем линии XFG Стратус.

3. Эволюция гена S у циркулировавших в 2025 г. вариантов

На Рис. 6 показано филогенетическое дерево по последовательностям гена S для репрезентативных изолятов 2025 года из Европы и РФ с добавленными предковыми BA.2 (из 2021) и BA.2.86 (из 2024) изолятами для корректировки корня дерева и масштаба расстояний. Дерево сугубо иллюстративно и не является продуктом полноценного филогенетического анализа из-за малого количества изолятов на линию, однако этого достаточно, чтобы продемонстрировать связи между последовательностями гена S у разных вариантов вируса.

На дереве хорошо просматриваются два крупных кластера: нижний кластер на фоне BA.2.86 и JN.1 и верхний кластер XFG Стратус с его вариантами. Заметный разрыв между ними означает, что у XFG сформировался достаточно отличный (и уже диверсифицирующийся) набор замен в S, чтобы он стабильно отделялся от прочих субвариантов JN.1 в дереве по последовательностям; при этом нужно отметить, что для рекомбинантов строгая древовидная интерпретация всегда условна, потому что история участков генома может быть мозаичной. То, что в данных отдельно отслеживаются именно производные JN.1 и несколько рекомбинантных линий (включая XFG), хорошо согласуется с общим срезом 2025 года, описанным выше.

Крупный нижний кластер потомков JN.1 делится на три подкластера, которые иллюстрируют, во-первых, параллельные траектории (конвергентную эволюцию) в спайке на фоне общего контекста, а во-вторых, вклад рекомбинации у части ветвей. Конвергенция здесь - это когда разные линии независимо приходят к похожим эволюционно успешным комбинациям замен в гене S под давлением популяционного иммунитета (и, вероятно, компромисса с трансмиссивностью), что и дает параллельные пучки ветвей. В европейских данных эпиднадзора, например, отдельно отмечают, что характерные для текущих потомков BA.2.86 замены в S (например, F456L, широко встречающаяся у XEC и KP.3, или R346T - по этим буквам ряд производных JN.1 назвали FLiRT-вариантами) связаны с преимуществами роста и иммунным ускользанием одновременно с потерей эффективности части анти-S моноклональных антител, что представляет собой типичный маркер отбора по антигенности [17].

Рекомбинация стала продуктивным механизмом генерации успешных линий в эпоху омикрона: в недалеком прошлом это показал вариант XBB и его потомки, а в 2025 взлет XFG лишь еще раз это продемонстрировал. Тем не менее, несмотря на обособление в отдельный кластер, XFG со своими производными является продуктом рекомбинации субвариантов JN.1, а его спайк все же группируется с ними в одну крупную категорию, тогда как последовательности S у XBB и BA.3.2.2, пошумевшего в начале 2026, являются относительно удаленными.

4. Обсуждение

Прежде чем обсуждать биологические причины успеха отдельных линий, стоит вкратце изложить ключевые наблюдения из сравнения России и Европы. Несмотря на разный старт года, к середине 2025 оба региона пришли к доминированию одного и того же рекомбинанта - XFG (в 3 квартале семейство XFG составляло более половины последовательностей в обоих регионах), а к концу года в обоих наборах данных стало заметным внутреннее разнообразие кластера XFG за счёт множества дочерних линий (XFG.3, XFG.5.1, XFG.3.4.3 и другие). Главные различия пришлись на первую половину 2025: в Европе заметный вклад XEC и последующая чехарда конкурирующих производных JN.1 не давали устойчивой доминанты, тогда как в России наблюдалась выраженная волна LF.7.1.3 и родственных вариантов LF.7.1, что может отражать эффект основателя или более медленное проникновение глобальных вариантов. Появление XFG в России немного запоздало (на пару месяцев по сравнению с Западной Европой). Эти различия и сходства задают контекст для дальнейшего разбора молекулярных особенностей ключевых вариантов и возможных эволюционных механизмов их успеха. Рассмотрим ключевые варианты, определявшие эпидемиологическую обстановку в 2025 году: XEC, LF.7.1.3, XFG, LP.8.1.1 и NB.1.8.1.

4.1 Характеристика основных вариантов

4.1.1 XEC

XEC - рекомбинантный вариант, который доминировал в мире незадолго до рассматриваемого периода (Рис. 2). XEC был впервые выделен в Германии в августе 2024 и уже к ноябрю 2024 стал преобладающим вариантом в Европе. Он образовался в результате рекомбинации между вариантами семейства JN.1 - KS.1.1 и KP.3.3 (Рис. 1).

Несмотря на рекомбинантное происхождение, геном XEC отличался от исходных вирусов лишь 4 аминокислотными заменами, то есть был антигенно близок к ним. Это сыграло положительную роль для кожаных мешков: бустерные вакцины конца 2024 на основе вариантов JN.1 и KP.2 оказались частично эффективны и против XEC [18]. Распространение XEC сопровождалось умеренным повышением трансмиссивности по сравнению с предыдущими линиями: так, по оценкам, его эффективное репродуктивное число было на 13% выше, чем у варианта KP.3.1.1 (доминировавшего до него) [19]. Уже к началу 2025 года XEC начал вытесняться более новыми мутантами, но тем не менее, как показал европейский опыт, XEC стал мостом между волной JN.1 и его ближайших производных конца 2024 и волной XFG второй половины 2025 года - во многих странах именно XEC занимал промежуточную нишу до появления XFG (Рис. 3 и Рис. 4).

4.1.2 LF.7.1.3

Линия LF.7.1.3 представляет собой дочернюю ветвь BA.2.86 Пирола и JN.1. BA.2.86 Пирола впервые был обнаружен в августе 2023 и привлек внимание множеством новых замен в S-белке. Хотя глобально вариант Пирола не стал доминирующим, его многочисленные потомки (особенно ветка JN.1) распространились по всему миру. LF.7.1.3 оформился как локальный вариант, преобладавший в России, в начале 2025 года (Рис. 5).

В гене ORF1ab LF.7.1.3 отмечается мутация, ведущая к замене A450V в белке nsp3, послужившая основанием для его выделения. nsp3 (non-structural protein 3, неструктурный белок 3) - это самый большой белок вируса SARS-CoV-2, включающий в себя сразу несколько важных доменов - например, PLpro, папаин-подобная протеаза, которая играет вспомогательную роль в процессировании вирусных белков и блокирует попытки клеток помечать эти белки для уничтожения внутри или снаружи [20]. Позиция 450 расположена в SARS-unique domain (SUD), регионе, уникальном для SARS-подобных коронавирусов. SUD-домен состоит из двух частей, которые соединяются гибким линкером; основная функция домена - связывание G-квадруплексных РНК-структур, образующихся в вирусной РНК, и различных белков клетки, например, Paip1, необходимого для приоритетной инициации трансляции именно вирусных белков, а не клеточных [21]. Важные для связывания квадруплексов аминокислотные остатки пространственно расположены в непосредственной близости от позиции 450 [21], что позволяет осторожно поспекулировать, что замена nsp3:A450V, характерная для линии LF.7.1.3, каким-то образом стабилизирует это связывание, положительно влияя на репликацию вируса. Однако явных доказательств этому нет, и без прямого эксперимента подобные выводы сделать нельзя.

Спайк LF.7.1.3 имеет F456L и R346T, что относит его к группе FLiRT-вариантов, имеющих некоторое преимущество в ускользании, но от S-белка предка JN.1.16.1 он отличий не имеет. Наиболее вероятным кажется, что LF.7.1.3 занял свое место просто в результате эффекта основателя, будучи одним из первых FLiRT-вариантов в регионе. Тем не менее, локально (в РФ) LF.7.1.3 вызвал заметную волну заболеваемости, что указывает на его эпидемиологическую значимость.

Любопытно, что с появлением омикрона сайт S-белка R346 почти сразу стал горячей точкой мутагенеза. Я еще в 2022 году писал о том, что линия, выделенная как BA.1.1, имеет в этой позиции замену R346S, тогда как в России тогда распространился вариант BA.1 с заменой R346K [14]. В итоге эволюция рассудила так, что в этом месте у новых изолятов устоялся треонин.

4.1.3 XFG

XFG Стратус – рекомбинантный вариант, определивший эпидемиологическую ситуацию второй половины 2025 года. ВОЗ с июня 2025 включила XFG в список вариантов под наблюдением (т.н. VUM, variant under monitoring) наряду с NB.1.8.1 Нимбус. Вариант XFG Стратус был впервые обнаружен в Северной Америке в январе 2025 и за несколько месяцев распространился буквально повсеместно. Геном XFG представляет собой результат рекомбинации между линиями LF.7 и LP.8.1.2, потомками JN.1.16 и JN.1.11, соответственно (Рис. 1). Интересно, что рекомбинация была мозаичной - начало генома до первой трети гена S от LF.7, далее фрагмент гена S от LP.8.1.2, далее хвост S и остаток генома снова от LF.7.

В S-белке XFG есть четыре ключевые аминокислотные замены, две из которых - K444R и N487D - ассоциируются с уходом от нейтрализующих антител [22]. Лабораторные исследования показали, что XFG обладает способностью частично избегать иммунного ответа: нейтрализующая активность постинфекционных и поствакцинальных сывороток против XFG снижена приблизительно вдвое по сравнению с предшествовавшим доминантом (вариантом LP.8.1.1, о котором пара слов далее) [22]. С другой стороны, по сродству к рецептору ACE2 XFG уступал ряду предыдущих вариантов. По-видимому, обусловленная этим чуть меньшая базовая трансмиссивность компенсировалась у XFG преимуществом в иммунном уклонении. В совокупности эти свойства позволили XFG стремительно вытеснить остальные линии во всех регионах мира к осени 2025 года: вариант стал самым успешным на тот момент и вызвал очередной умеренный рост заболеваемости ковидом. Следует отметить, что XFG обладал и значительным эволюционным потенциалом: уже через несколько месяцев циркуляции у него появились десятки ответвлений (субвариантов XFG.*), некоторые из которых (например, XFG.3.4.3, XFG.5.1) получали заметное распространение (Рис. 4 и Рис. 5). Однако ни один из них (по состоянию на начало 2026) не продемонстрировал дополнительных биологических преимуществ по сравнению с исходным XFG и не вызвал новой волны.

4.1.4 LP.8.1.1

LP.8.1.1 - линейный потомок ветки JN.1.11, которая в 2024–2025 гг. дала множество параллельных линий с близкими наборами мутаций, вызывающих периодические локальные всплески заболеваемости. При этом само семейство LP.8.1 оказалось достаточно заметным в данных отслеживания вариантов, чтобы рассматриваться как один из релевантных антигенных референсов для обновления вакцин до появления XFG Стратус [23] (Рис. 4). С практической точки зрения LP.8.1.1 важен скорее как маркер одной из ранних волн производных JN.1 2025 года, чем как самостоятельный глобальный доминант: экспертные рекомендации по составу вакцин на сезон 2025/26 упоминали спайк вариантов семейства LP.8.1 как подходящую антигенную мишень, констатируя общий сдвиг популяции вируса в сторону производных JN.1, включая XFG. По мнению ВОЗ в документе от декабря 2025, именно антиген LP.8.1 является оптимальным с учетом сложившейся ситуации [23, 24].

Дело здесь еще и в том, что линии семейства LP.8.1 заметно поучаствовали в событиях рекомбинации как минимум дважды: в номенклатуре Pango они фигурируют как доноры фрагментов для XFC и знаменитого XFG Стратус (Рис. 1). Это дополнительно намекает, что в 2025 году конкурентоспособность вариантов определялась не только линейным накоплением точечных замен, но и периодической сборкой удачных комбинаций мутаций через рекомбинацию.

4.1.5 NB.1.8.1

NB.1.8.1 Нимбус - еще один вариант, который ВОЗ в 2025 году отнесла к VUM. Он происходит от рекомбинантной ветки XDV.1.5.1 (Рис. 1). Любопытно, что здесь рекомбинация уже многоэтажная: согласно номенклатуре Pango, XDV описывается как мозаичный рекомбинант, собранный из фрагментов XDE и JN.1, причем аж с тремя точками рекомбинации: начало-XDE | JN.1 | XDE | JN.1-конец. При этом XDE и сам является рекомбинантом между двумя потомками XBB - GW.5.1 и FL.13.4 (Рис. 1). Резюмируя, NB.1.8.1 - это родственник JN.1, но с подмешанным наследием XBB через сложную цепочку рекомбинаций [25].

С точки зрения аминокислотных замен в S-белке, NB.1.8.1 скорее выглядит как тонкая настройка под текущий иммунный фон, чем радикальный антигенный скачок: не обладая усиленными способностями к ускользанию от нейтрализации, этот вариант показал в 2.5 раза более высокую инфекционность в эксперименте с псевдовирусом по сравнению с LP.8.1 [25]. Другая работа [22] демонстрирует высокую аффинность RBD NB.1.8.1 к ACE2, самую высокую среди всех вариантов сравнения (BA.3, BA.3.2, XEC.25.1, LF.7.9, XFH, XFG и NB.1.8.1). В приложении к декабрьскому заявлению ВОЗ по антигенному составу вакцин NB.1.8.1 также показан как представитель семейства JN.1 с близкими наборами мутаций относительно других вариантов этой линии [24].

На этом примере очевидно, что успешный вариант при текущем эпидемиологическом ландшафте - не обязательно тот, кто делает самый большой антигенный кувырок. NB.1.8.1 Нимбус со своим незначительным приростом уклонения от иммунитета и повышенным сродством к рецептору в рассматриваемых регионах все равно проиграл конкуренцию мощно ускользающему от иммунитета XFG, не обладающему значимыми преимуществами в трансмиссивности и имеющему низкое сродство к ACE2 [22] (Рис. 4).

4.2 Эволюция SARS-CoV-2 в свете trade-off гипотезы

Классическая концепция trade-off (компромисс) в инфекционной эпидемиологии исходит из того, что у патогена часто существует эволюционный компромисс между трансмиссивностью и вирулентностью: более агрессивная репликация может повышать заразность (через большее выделение вирусных частиц), но одновременно усиливать повреждение организма носителя или сокращать временное окно эффективной передачи, что в сумме ограничивает приспособленность [9].

В контексте SARS-CoV-2 после формирования широкой популяционной иммунной прослойки (вакцинации и множественные повторные инфекции) ландшафт отбора отчасти определяет конкурентное преимущество вариантов сводя его к балансу двух факторов: насколько эффективно они заражают частично иммунных людей (иммунное ускользание) и насколько эффективно передаются (трансмиссивность). Соответственно, противовес трансмиссивности в этой ситуации составляет не вирулентность, а способность к иммунному ускользанию, что согласуется с идеей, что дальнейшая эволюция SARS-CoV-2 будет порождать варианты с непредсказуемой (но не обязательно возрастающей) тяжестью, поскольку давление отбора приходится на антигенные свойства и эффективность передачи [9, 26].

Если взглянуть на тренд до появления омикрона, то вирулентность скорее росла параллельно с трансмиссивностью, что полностью ломает логику trade-off [9]. Тем не менее, потенциальный выигрыш в эволюционной борьбе не обязан сопровождаться повышением вирулентности, как это было показано в работе [6], или вообще каким-либо ее изменением, как мы видим из реальных данных за 2025 год. С приходом омикрона такой выигрыш приобрел связь с с иммунным ускользанием или трансмиссивностью, возвращая trade-off к жизни в несколько видоизмененном виде, что мы наблюдали, например, в случае со взлетом XFG Стратус, который благодаря повышенной способности к ускользанию стал доминировать даже несмотря на низкое сродство к рецептору ACE2 [22].

Таким образом, этот баланс трансмиссивности и иммунного ускользания можно трактовать как смену фокуса логики компромиссного отбора: в текущей фазе эволюции SARS-CoV-2 ключевой компромисс проходит не по оси вирулентность - трансмиссивность, по которой он и вовсе никогда не проходил, а по оси иммунное ускользание - трансмиссивность, тогда как тяжесть заболевания вторична и может меняться в любую сторону как побочный эффект мутаций, отобранных по другим причинам.

4.3 Эпидемиологическое значение

Появление и смена вариантов SARS-CoV-2 в 2025 году наглядно иллюстрирует продолжающуюся эволюцию вируса в условиях формирующегося и изменяющегося иммунитета популяции. Основные варианты года - LF.7.1.3 в России, XEC в Европе, NB.1.8.1 и XFG повсеместно - являлись дальними потомками того самого первого омикрона конца 2021 года, однако имели уникальные комбинации мутаций, позволившие им получить селективное преимущество. Одни (как XFG) добились этого за счет более эффективного иммунного уклонения, другие (как NB.1.8.1) - за счет повышенного сродства к рецептору ACE2.

К счастью, по состоянию на начало 2026 года ни один из новых вариантов не продемонстрировал заметного увеличения патогенности: имеющиеся данные не свидетельствуют об усилении тяжести COVID-19 при инфекциях XFG или NB.1.8.1 по сравнению с предшественниками. Кроме того, обновленные вакцины, рекомендованные к использованию (например, на основе штамма LP.8.1), с высокой вероятностью обеспечивают перекрестную защиту и против новых линий, учитывая их родство с предыдущими вариантами. В этом смысле, продолжающийся геномный мониторинг - как в Европе, так и в России - остается критически важным для своевременной идентификации потенциально опасных мутаций и принятия мер по обновлению вакцинных антигенов и терапевтических антител. Да, скорость накопления мутаций у SARS-CoV-2 замедлилась и составляет для XFG Стратус 4.4 × 10⁻⁴ замен на сайт в год [27], что примерно сопоставимо со значением для вируса кори и на порядок медленнее самых первых вирусов SARS-CoV-2 от 2019 года (6.58 × 10⁻³; [28]) или гриппа H3N2 (2.89 × 10⁻³; [29]). Но частые спонтанные события рекомбинации (как описано выше) вместе со способностью персистировать в иммунокомпрометированных пациентах (так, по-видимому, и появился в свое время омикрон) делают угрозу появления вирулентного варианта гораздо менее иллюзорной, что подчеркивает важность отслеживания.

А с учетом того, что trade-off у SARS-CoV-2, видимо, не связан с вирулентностью, она может как снижаться, так и расти, потому что, говоря простым языком, вирусу безразлично, как тяжело вы будете болеть, для его репродуктивного успеха это не имеет значения. Так что никогда не знаешь, какой еще чертик завтра, послезавтра или через год выскочит из этой эволюционной табакерки.

4.4 Ограничения анализа

Интерпретируя использованные для этой работы данные, следует учитывать различие в объеме секвенирования и возможные смещения выборки. В 2025 году по странам Европы в базы данных было загружено свыше 60 тысяч геномов SARS-CoV-2, тогда как по России – лишь 3.38 тысяч. Диспропорция почти на порядок означает, что редкие варианты в РФ могли остаться незамеченными, а оценка долей менее точна (большие статистические погрешности). Особенно это касается второго квартала, а также декабря (Приложение: Рис. П3). Кроме того, географическое покрытие секвенирования в России ограничено: основная масса образцов приходится на крупные города, что может не отражать ситуацию в удаленных регионах. Таким образом, более низкий уровень зафиксированного разнообразия в РФ отчасти объясняется эффектом малого размера выборки.

Впрочем, если брать не весь европейский регион, а отдельно взятые страны, то видно, что больше, чем в России, за 2025 год отсеквенировано геномов лишь во Франции, Германии, Испании и Великобритании, что по сравнению с ситуацией пандемийных времен, когда мы сильно отставали в отслеживании, выглядит необычно. На топ-5 стран по количеству загруженных данных приходится более 2/3 всех европейских загрузок, что безусловно также вносит определенные смещения в картину по европейскому региону.

Тем не менее, общие тренды (смена доминирующих линий, присутствие тех или иных глобальных вариантов) в обоих регионах прослеживаются достаточно уверенно.

Заключение

На смену всему зоопарку циркулировавших вариантов пришло семейство XFG Стратус, но оно, скорее всего, уйдет в небытие так же быстро, как явилось оттуда на свет. Возможно, SARS-CoV-2 больше никогда не будет для нас проблемой, особенно на фоне того, что сейчас в новостной повестке. А может, уже через несколько месяцев он снова станет причиной для глобальных эпидемиологических мер. К сожалению, никакого прогноза у меня для вас нет. Не болейте телом и духом, а мы - ученые, врачи и энтузиасты - уж постараемся как-нибудь вам в этом помочь.

Ваш Марко и его GET OUT OF ME.

Источники

1. Tamura T. et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants / Nature Communications. – 2023. – DOI: 10.1038/s41467-023-38435-3.
2. Qu P. et al. Enhanced evasion of neutralizing antibody response by SARS-CoV-2 XBB.1.5, CH.1.1, and CA.3.1 variants / Cell Reports. – 2023. – DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112443.
3. Ao D. et al. The rapid rise of SARS-CoV-2 Omicron subvariants with immune evasion properties: XBB.1.5 and beyond / MedComm (2020). – 2023. – DOI: 10.1002/mco2.239.
4. Kistler K. E. et al. SARS-CoV-2 convergent evolution as a guide to explore adaptive advantage / PLOS Pathogens. – 2023. – DOI: 10.1371/journal.ppat.1011868.
5. Centers for Disease Control and Prevention. Genomic Surveillance for SARS-CoV-2 Variants: Circulation of Omicron XBB and JN.1 Lineages — United States, May 2023–September 2024 / MMWR Morbidity and Mortality Weekly Report. – 2024. – Vol. 73. – P. 938–945. – DOI: 10.15585/mmwr.mm7342a1. – https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/73/wr/mm7342a1.htm
6. Tamura T. et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 BA.2.86 variant / Cell Host & Microbe. – 2024. – DOI: 10.1016/j.chom.2024.01.001.
7. Planas D. et al. Distinct evolution of SARS-CoV-2 Omicron XBB and BA.2.86/JN.1 lineages combining increased fitness and antibody evasion / Nature Communications. – 2024. – DOI: 10.1038/s41467-024-46490-7.
8. Li P. et al. Distinct patterns of SARS-CoV-2 BA.2.87.1 and JN.1 variants in immune evasion, antigenicity, and cell-cell fusion / mBio. – 2024. – DOI: 10.1128/mbio.00751-24.
9. Kun Á. et al. Do pathogens always evolve to be less virulent? The virulence–transmission trade-off in light of the COVID-19 pandemic / Biol Futur. – 2023. – DOI: 10.1007/s42977-023-00159-2.
10. World Health Organization. COVID-19 epidemiological update – 17 September 2024 (Edition 171). – 2024. – https://www.who.int/publications/m/item/covid-19-epidemiological-update-edition-171
11. Li P. et al. Neutralization escape, infectivity, and membrane fusion of JN.1-derived SARS-CoV-2 SLip, FLiRT, and KP.2 variants / Cell Reports. – 2024. – DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114520.
12. Xu K. et al. Neutralization of SARS-CoV-2 KP.1, KP.1.1, KP.2 and KP.3 by human and murine sera / npj Vaccines. – 2024. – DOI: 10.1038/s41541-024-01016-6.
13. Li P. et al. Neutralization and Stability of JN.1-derived LB.1, KP.2.3, KP.3 and KP.3.1.1 Subvariants / bioRxiv (preprint). – 2024. – DOI: 10.1101/2024.09.04.611219.
14. Marco Scavenger. Кухонная молекулярка: омикрон в России / GET OUT OF ME. - 2022. - https://t.me/getout_ofme/84
15. Marco Scavenger. Дети омикрона / GET OUT OF ME. - 2022. - https://t.me/getout_ofme/89
16. World Health Organization. WHO TAG-VE Risk Evaluation for SARS-CoV-2 Variant Under Monitoring: XFG. – 25 June 2025. – Technical document (TAG-VE). – https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/25062025_xfg_ire.pdf [PDF].
17. European Centre for Disease Prevention and Control. Acute respiratory infections in the EU/EEA: epidemiological update and current public health recommendations. – 18 December 2024. – https://www.ecdc.europa.eu/en/news-events/acute-respiratory-infections-eueea-epidemiological-update-and-current-public-health-0
18. Suthar M. et al. The KP.2-adapted COVID-19 vaccine improves neutralising activity against the XEC variant / The Lancet Infectious Diseases. – 2025. – DOI: 10.1016/S1473-3099(25)00007-6.
19. Kaku Y. et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XEC variant / The Lancet Infectious Diseases. – 2024. – DOI: 10.1016/S1473-3099(24)00731-X.
20. Báez-Santos Y. M. et al. The SARS-coronavirus papain-like protease: Structure, function and inhibition by designed antiviral compounds / Antiviral Research. – 2014. – DOI: 10.1016/j.antiviral.2014.12.015.
21. Qin B. et al. Identification of the SARS-unique domain of SARS-CoV-2 as an antiviral target / Nature Communications. – 2023. – DOI: 10.1038/s41467-023-39709-6.
22. Guo C. et al. Antigenic and virological characteristics of SARS-CoV-2 variants BA.3.2, XFG, and NB.1.8.1 / The Lancet Infectious Diseases. – 2025. – DOI: 10.1016/S1473-3099(25)00308-1.
23. European Medicines Agency. EMA recommendation to update the antigenic composition of authorised COVID-19 vaccines for 2025-2026. – 17 May 2025. – EMA/166854/2025. – https://www.ema.europa.eu/en/documents/other/ema-recommendation-update-antigenic-composition-authorised-covid-19-vaccines-2025-2026_en.pdf [PDF].
24. World Health Organization. Statement on the antigen composition of COVID-19 vaccines. – 18 December 2025. – https://www.who.int/news/item/18-12-2025-statement-on-the-antigen-composition-of-covid-19-vaccines
25. Uriu K. et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 NB.1.8.1 variant / The Lancet Infectious Diseases. – 2025. – DOI: 10.1016/S1473-3099(25)00356-1.
26. Markov P. V. et al. Antigenic evolution will lead to new SARS-CoV-2 variants with unpredictable severity / Nature Reviews Microbiology. – 2022. – DOI: 10.1038/s41579-022-00722-z.
27. Branda F. et al. SARS-CoV-2 XFG: a genomic insight into the new recombinant / Infectious Diseases. – 2025. – DOI: 10.1080/23744235.2025.2548552.
28. Benvenuto D. et al. The global spread of 2019-nCoV: a molecular evolutionary analysis / Pathogens and Global Health. – 2020. – DOI: 10.1080/20477724.2020.1725339.
29. Phyu W. W. et al. Evolutionary Dynamics of Whole-Genome Influenza A/H3N2 Viruses Isolated in Myanmar from 2015 to 2019 / Viruses. – 2022. – DOI: 10.3390/v14112414.

Приложение