Биология сарком и роль полногеномных тестов
Биология большинства мягкотканных сарком (опять же, за исключением джистов) заключается не в существовании точечных драйверных генетических поломок, которые настолько самодостаточны, что способны инициировать канцерогенез и превратить клетки в машину по выживанию и уничтожению всего живого (например, как поломки генов EGFR, ALK в раке легкого, в силу которых порождается протоонкогенный белок, пинающий клетку в сторону того, чтобы та становилась злокачественной.
Вариант конкретных поломок или Simple genetic.
Биология сарком (по крайней мере 30 - 40% случаях) же кроется в крупных геномных, хромосомных перестройках. Таких перестройках, в ходе которых происходит слияние генов и образование какой - то прям лютой химеры, вмешивающийся в экспрессию сразу множества генов.
Примеры подобных слияний вам хорошо известны:
Как мы обсуждали ранее, подобные химеры вмешиваются в экспрессию множества генов и, тем самым, в один момент инициируют реализацию сразу нескольких сигнальных каскадов. В условиях чего, инактивация отдельных участников этих каскадов оказывается просто бессмысленной, т.к. в клетках саркомы одномоментно оказываются активными сразу несколько механизмов выживания.
Для примера - отсылаю на старый материал - короткий очерк о биологии саркомы Юинга. Оттуда я лишь процитирую короткий фрагмент: “...-просто взгляните на список “таргетных” генов, экспрессию которых запускает EWS/FLI - белок”...
И подумайте, насколько целесообразно, в виду этого набора, инактивация отдельных up-regulated - мишеней? Если, во -первых, этих мишеней хренова туча, а во-вторых в клетках при этом выключены важные онкосупрессоры, которые сами по себе вносят немалый вклад в опухолевый процесс.
Мне кажется целесообразным попытка выключения этой самой химеры, которая возникает при строго специфической хромосомной перестройке. Но только вот найти хоть один пример того, когда человечеству это удалось, у меня не получилось.
Вариант отсутствия конкретных поломок или Complex genetic. Еще более сложная и менее понятная история складывается с теми саркомами (например, при недифференцированной плеоморфной саркоме, остеосаркоме или лейомиосаркоме), где строго специфической хромосомной перестройки нет вовсе. Где наблюдаются обширные хромосомные перестройки - но они не являются специфичными и повторяющимися у каждого пациента с конкретным вариантом саркомы.
Соответственно, пытаться в персонализированную медицину тут сложно: мало того, что видов этих сарком целая куча, так еще каждая из них может быть со своими молекулярными приколами у двух пациентов с одним и тем же диагнозом…
И имеет ли смысл говорить о конкретных мутациях, которые вносят свой вклад в этот молекулярный ужас? Как ни странно, да.
Конкретные мутации. Точечных мутаций в саркомах сравнительно мало, а мутационная нагрузка и количество потенциальных неоантигенов, которые могли бы развязать руки иммунной системы, чрезвычайно скромные.
Но было бы неправильно сказать, что точечных мутаций в саркомах нет. Они есть, только, к сожалению, затрагивает чаще онкосупрессоры. Судите сами:
Наиболее частыми выступают поломки р53 и ATRX - обе поломки, чей импакт обусловлен созданием условий для геномной/хромосомной нестабильности и последующей внутриопухолевой гетерогенности с появлением нескольких субпопуляций клеток, которые могут демонстрировать разную чувствительность к нашему лечению и, тем самым, потенциально обусловливать его более скромную эффективность и скромную выживаемость пациентов.
Помимо инактивирующих мутаций, есть вариант с амплификациями. Например, того же MDM2, который приводит к выходу p53 из игры по спасению генома клетки, но за счет убиквитин-опосредованного уничтожения p53, так активно поддерживаемого белком MDM2.
Однако, практически ничего из этого, словно бы, не дает нам мишеней для персонализированной таргетной терапии. Или, все таки, что-то из таргетной терапии на саркомы работает?
Таргетная терапия и саркомы. На самом - то деле, отдельные успехи таргетной терапии при саркомах имеются. Да, это прям конкретные поломки, встречающиеся крайне редко, некоторые из них - лишь при отдельных вариантах сарком; да, это варианты, демонстрирующие подчас самую разную эффективность (зачастую совсем не ту, на которую надеешься), но отдельные, точечные единичные успехи, позволяющие отодвинуть момент прогрессирования на n-ное количество месяцев, имеются:
Оправдывает ли это выполнение полногеномных тестов при саркомах? Да, но не у всех
Если мы говорим о ситуациях, где полногеномные тесты делаются из соображений поиска мишеней для таргетной терапии,то на мой взгляд, в рутинном режиме, для всех пациентов с саркомами на начальном этапе обследования, - это совершенно беспонтовая идея.
Однако, некоторым пациентам NGS оказывается необходим - не не столько из соображений поиска предиктивных маркеров для терапии, сколько из необходимости постановки точного диагноза.
Дабы избежать комментариев в духе “какого черта я решаю за пациента/отнимаю надежду/нагоняю тоску/ “а вот в других центрах, посмотрев на вашу беспомощность, пациенту по-любому что-то предложат и он вылечится”, я лишь приведу основные тейки из консенсуса, составленного исследовательской группой по саркомам под руководством César Serrano. Поехали:
- Доказательства, подтверждающие рутинное, неизбирательное (то есть, у всех подряд) применение NGS у пациентов с саркомой, в настоящее время ограничены и не имеет доказательств своей эффективности.
- Заниматься молекулярно - генетической диагностикой в отсутствии установленного морфологического диагноза - дохлая затея, ибо “...Обнаружение слияния не является диагностическим признаком само по себе, и молекулярные результаты должны быть сопоставлены с клиническими, рентгенологическими, морфологическими и иммуногистохимическими результатами”.
- Решение о целесообразности выполнения NGS остается за патологоанатомом, так как следует рассматривать конкретные поломки не только в контексте терапевтического потенциала, но и в разрезе диагностической ценности: иногда выполнение теста для постановки точного диагноза действительно оказывается необходимым, так как саркома у 30 - 40% пациентов, все таки, обладает специфическими хромосомными перестройками. Только решать, нужно ли делать подобное исследование или нет, это морфолог в рамках обсуждения с мультидисциплинарной командой людей, умеющих в лечение сарком.
Тем не менее, мутационное профилирование крайне редко приводит к пересмотру диагноза и тактики лечения - по крайней мере, в большинстве работ, которые были посвящены изучению этого вопроса
- Роль агностического мутационного профилирования, вероятно, незначительна из-за небольшого количества диагностических мутаций, характерных для сарком (CTNNB1 при десмоидных опухолях; H3.3 при гигантоклеточной опухоли; MYOD1 при рабдомиосаркоме), а также из-за возможности использования альтернативных вспомогательных методов для выявления таких агностических поломок.
Правда, жаль что встречаемость поломок, которые называют агностическими, при саркомах предательски редки:
- Ну и то, что мне особенно понравилось: “С терапевтической точки зрения мультигенное секвенирование приносит пользу лишь при некоторых подтипах саркомы. Пациенты и лечащие врачи могут назначить мультигенное секвенирование, не следуя этим рекомендациям, если пациент проинформирован о крайне низкой вероятности получения пользы от этого исследования, если оно не повлечет за собой дополнительных расходов для системы здравоохранения и не приведет к применению препаратов не по назначению, без достаточных на то оснований”
К каким выводам я пришел для себя
Очевидно, что единичные пациенты (если мы не берем в расчет ГИСО) - например, пациенты с PEC-омой, воспалительной миофибробластической опухолью, в теории, в наших реалиях могут иметь опции для таргетной терапии. Но, прежде чем отправлять материал на какие - то сложные геномные тесты, хорошо бы быть максимально уверенным в поставленном диагнозе.
Очевидно, что в этом можно быть уверенным только в том случае, если морфологической диагностикой занимались в референсном центре.
Пациентов с саркомами в принципе лучше аккумулировать в референсные центры, так как это улучшает результаты их лечения - и чем больше этот центр, чем больше поток пациентов через него проходит, тем лучше для пациента.
2. Молекулярно - генетическая диагностика (по типу NGS или конкретных терапевтических панелей в духе Foundation One и проч) может быть оправдана в отношении единичных пациентов (они обрисованы выше). Однако, выполнение теста не должно служить отсрочкой для начала стандартного (“неиндивидуализированного”) лечения, которая у части пациентов, все-таки, может сработать.
3. Мы пока еще преступно мало знаем о биологии этой сложной группы заболеваний. Но то, что нам известно, вызывает у меня горькое сожаление и разочарование.