Личное
January 21, 2018

Генетический анализ

После серии заметок о генетическом анализе происхождения человечества (https://teletype.in/@tambov_wolf/537017) следующим логическим шагом было попробовать это дело самому.

Купил на распродаже ДНК-тест на www.MyHeritage.com за $49. По почте пришла коробочка с ватной палочкой и ампулой, ватной палочкой поковырял за щекой, запечатал в ампулу и отослал по почте же (ампул и палочек на самом деле 2 - для каждой щеки, на случай если что-то пойдёт не так при анализе первой).
Через месяц опубликовали результаты. Выглядят, для меня, они вот так:

Так как у меня несколько близких родственников уже воспользовались именно этим провайдером и их результаты были в базе, то, соответственно, меня уведомили что у меня нашлись родственники. Степень близкого родства определили хорошо, в результатах, правда, полно (~250) каких-то левых людей которые помечены как мои пятиюродные родственники.

Надо заметить что это не Y-DNA и не mtDNA тест, то есть, если я правильно понимаю, просто какой-то набор отрезков моих хромосом, выбранный провайдером, который они анализируют на совпадения с собственными моделями и своей базой пользователей.

Подробные результаты (о них позднее) MyHeritage можно загрузить на https://www.gedmatch.com (полный анализ для поиска родственников может занять пару дней).
Сразу же после загрузки можно проанализировать своё происхождение с помощью разных моделей (Analyse My Data -> Admixture (heritage), (руководство пользователя: http://genealogical-musings.blogspot.com/2017/04/finally-gedmatch-admixture-guide.html), вот например что даёт мне анализ по базе представителей тринадцати (К13) европейских (Eurogenes) популяций:
Admixture (heritage) -> Eurogenes -> K13:
Population North_Atlantic 19.35 Baltic 36.23 West_Med 8.27 West_Asian 16.93 East_Med 9.64 Red_Sea 1.83 South_Asian 2.03 East_Asian - Siberian 3.42 Amerindian 0.27 Oceanian 1.24 Northeast_African - Sub-Saharan 0.78

Забавная кнопочка Oracle-4 выдает табличку в которой алгоритм пытается предположить какие популяции поучаствовали в моём генетическом портрете:
Mixed Mode Population Sharing:

#

Primary Population (source)

Secondary Population (source)

Distance

1

69.2%

Southwest_Russian

+

30.8%

Kumyk

@

2.37

2

64.2%

Estonian_Polish

+

35.8%

Kumyk

@

2.58

3

71%

Southwest_Russian

+

29%

Balkar

@

2.72

4

69.8%

Southwest_Russian

+

30.2%

Kabardin

@

2.77

5

71.3%

Southwest_Russian

+

28.7%

Adygei

@

2.79

6

76.4%

Southwest_Russian

+

23.6%

Abhkasian

@

2.88

7

75.4%

Southwest_Russian

+

24.6%

Georgian

@

2.93

8

73.1%

Southwest_Russian

+

26.9%

Ossetian

@

3.01

9

71.9%

Southwest_Russian

+

28.1%

North_Ossetian

@

3.03

10

63.4%

Belorussian

+

36.6%

Kumyk

@

3.05

11

66.1%

Estonian_Polish

+

33.9%

Balkar

@

3.06

12

66.5%

Estonian_Polish

+

33.5%

Adygei

@

3.07

13

72.1%

Estonian_Polish

+

27.9%

Abhkasian

@

3.13

14

64.8%

Estonian_Polish

+

35.2%

Kabardin

@

3.16

15

65.6%

Russian_Smolensk

+

34.4%

Kumyk

@

3.19

16

65.4%

Belorussian

+

34.6%

Balkar

@

3.24

17

70.3%

Ukrainian_Belgorod

+

29.7%

Kumyk

@

3.32

18

67.1%

Estonian_Polish

+

32.9%

North_Ossetian

@

3.33

19

64.1%

Belorussian

+

35.9%

Kabardin

@

3.36

20

71%

Estonian_Polish

+

29%

Georgian

@

3.37

Заодно нашлась, похоже, модель на основе которой MyHeritage анализировал мои результаты:
Admixture (heritage) -> Eurogenes -> Jtest: это модифицированная модель K13 в которой введена новая группа Ашкенази и делается попытка генетически распознать евреев, подробнее о модели можно почитать на http://bga101.blogspot.com.au/2012/09/eurogenes-ashkenazim-ancestry-test-files.html, а в целом, о проблеме распознавания евреев я писал в https://teletype.in/@tambov_wolf/541517
Population

SOUTH_BALTIC

25.42

EAST_EURO

18.82

NORTH-CENTRAL_EURO

9.69

ATLANTIC

11.06

WEST_MED

3.66

ASHKENAZI

4.92

EAST_MED

7.73

WEST_ASIAN

12.50

MIDDLE_EASTERN

1.06

SOUTH_ASIAN

2.26

EAST_AFRICAN

-

EAST_ASIAN

-

SIBERIAN

2.52

WEST_AFRICAN

0.35

Ну и подробный анализ по 36 [преимущественно европейским и переднеазиатским] популяциям:
Amerindian

-

Arabian

-

Armenian

4.56

Basque

0.35

Central_African

-

Central_Euro

9.18

East_African

-

East_Asian

-

East_Balkan

0.96

East_Central_Asian

0.30

East_Central_Euro

16.44

East_Med

3.22

Eastern_Euro

14.98

Fennoscandian

10.46

French

-

Iberian

5.73

Indo-Chinese

-

Italian

5.03

Malayan

-

Near_Eastern

-

North_African

-

North_Atlantic

3.25

North_Caucasian

14.49

North_Sea

3.02

Northeast_African

0.29

Oceanian

0.68

Omotic

-

Pygmy

-

Siberian

-

South_Asian

-

South_Central_Asian

3.26

South_Chinese

-

Volga-Ural

2.31

West_African

0.31

West_Caucasian

1.11

West_Med

-