В Obsidian, как и в Apple Notes вполне можно обходиться без тегов. Чтобы на виду не было множество папок, и чтобы их структурировать есть система PARA. Она так глубоко въелась в мозг, что без нее уже не представляешь организацию. И даже в Bear где нет папок, используют теги по системе PARA.