Ближайшее будущее, Япония, 2035 год. Взрыв — масштабный инцидент, вызванный изучением искусственных организмов, который привёл к прорыву из исследовательского центра одного из них, впоследствии названного Материей, и его распространению по всему ущелью Куробэ. Из-за этого правительство запретило доступ в целый исследовательский город, ранее провозглашавшийся надеждой всего человечества.
Остров Сэнтан, являющийся частью Свободной Зоны, расположен в море Юдэн, — ровно посредине между Северным государством и Южноконтинентальной Свободной Зоной.