H.R. Muhammad Mangoendiprodjo lahir di Sragen, Jawa Tengah, pada tanggal 5 Januari 1905. Dia adalah cicit dari Setjodiwirjo atau Kiai Ngali Muntoha, salah seorang keturunan Sultan Demak. Setjodiwirjo sendiri merupakan teman seperjuangan Pangeran Diponegoro melawan penjajah Belanda. Keduanya memperluas pemberontakan melawan penjajah Belanda hingga ke daerah Kertosono Ngawi, dan Banyuwangi, Jawa Timur. Ia merupakan ayah dari mantan Pangkostrad Letjen TNI (Purn.) Himawan Soetanto.